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sexta-feira, 20 de maio de 2011

Parte 1:Experimento de Urey-Miller

"Embora o 'darwinismo fundamentalista' afirme que a origem da vida não é assunto importante na discussão do 'fato da evolução', o experimento de Urey-Miller, simples obtenção de aminoácidos ['tijolos construtores' de proteínas], é exemplificado como o primeiro passo importante na origem e evolução química da vida cientificamente demonstrado. Mas as proteínas é que são os 'tijolos construtores' da vida e até hoje não conseguimos ir além desses insignificantes aminoácidos...A partir dos anos 70 do século 20, os cientistas concluíram: a atmosfera da Terra primitiva não era nada parecida com a mistura de gases usadas por Urey-Miller. O 'Mysterium tremendum', continua misterioso, inacessível e agora com um prêmio de US$ 1.350.000,00 para quem for além da experiência simples de Urey-Miller [http://www.us.net/life]."

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Um trecho de um artigo também de Enézio feito em defesa deste que estou dissertando:

"O controle de danos da Nomenklatura científica alerta: o navio 'Darwinic' está afundando, mas tudo vai bem."
http://pos-darwinista.blogspot.com/2006_02_01_pos-darwinista_archive.html

"Os seres vivos [e até uma 'simples' célula] são extrema e irredutivelmente complexos e a seleção natural pré-biológica [???] não poderia agir sobre os compostos químicos 'mais aptos que sobreviveram' da [inexistente] 'sopa protéica', porque compostos químicos, simplesmente, não deixam descendência.

A extrema dificuldade das teorias de origens é que elas não podem ser falsificadas - o evento original não pode ser repetido para podermos falsear ou não nossas teorias. Situação epistemológica Catch-22: as teorias das origens da vida são apenas plausíveis ou implausíveis.

Nestes últimos 50 anos, os pesquisadores da evolução pré-biológica têm encontrado 'em dezenas de laboratórios' [???] segundo Klaus Dose, apenas 'impasse e frustração'. Por quê?

1. A origem da vida foi rápida demais - há uns 3.86 bilhões de anos. MOJZSIS, Stephen J. et al. "Evidence for Life on Earth Before 3,800 Million Years Ago", Nature 384 (1996):55-59. Dados sugerem que a vida se originou não somente uma, mas várias vezes entre 3.86 e 3.5 bilhões de anos. Pelo menos uma delas ocorreu em 10 milhões de anos ou menos - tempo muito abreviado para o surgimento da vida por quaisquer modelos tipo Urey-Miller.


2. Nunca houve uma 'sopa prebiótica'. Em todas as formas de sedimentos carboníferos, de todas as eras geológicas, pesquisadores concluíram: nenhuma 'sopa' ou substrato existiu. LAZCANO, Antonio. "Chemical Evolution and the Prebiotic Soup: Did Oparin Get it Right?", Journal of Theoretical Biology 184 (1997):219-23.

3. O paradoxo oxigênio-raios ultravioletas. A presença de oxigênio molecular impede as reações químicas das quais os modelos Urey-Miller dependem. A ausência de oxigênio permitiria a penetração da radiação ultravioleta na atmosfera da Terra, frustrando novamente as reações químicas necessárias.

4. O sinergismo biomolecular. Sob condições naturais, as proteínas podem agrupar-se somente com a presença de moléculas de DNA e RNA. As moléculas de DNA, por sua vez, podem agrupar-se somente com a presença de moléculas de proteínas e de RNA.Já as moléculas de RNA podem agrupar-se somente com a presença de moléculas de proteínas e de DNA. Como se não bastasse ser bastante complicada esta interdependência, as moléculas de RNA e muitas moléculas de proteínas e de DNA são estáveis somente se estiverem contidas numa membrana biológica. IRION, Robert. "Ocean Scientists Find Life, Warmth in the Seas", Science 279 (1998):1302-3.

5.As membranas biológicas podem agrupar-se somente se as moléculas de DNA, RNA, de proteínas, e de complexos de proteínas de RNA estiverem presentes. WALTER, Peter et al. "SRP - Where the RNA and Membrane Worlds Meet", Science 287(2000):1212-13.; BATEY, R. T. et al. "Crystal Structure of the Ribonucleoprotein Core of the Signal Recognition Particle", Science 287 (2000) p.1232-39.

6. A organização de biomoléculas. A função celular exige: a) os números e os tipos exatos de moléculas de proteínas, de RNA e de DNA; b) o posicionamento exato destas moléculas em locais específicos dentro da célula; e c) uma específica proporção de nucleotídeos funcionais e não-funcionais ou seqüências de aminoácidos nas moléculas da célula. BEATON, Margaret J. e CAVALIER-SMITH, T. "Eukaryotic Non-Coding DNA is Functional: Evidence from the Differential Scale of Cryptomonad Genomes", Proceedings of the Royal Society of London, Series B, 266(1999):2053-59; CAVALIER-SMITH, T. "Nuclear Volume Control by Nucleoskeletal DNA, Selection for Cell Volume and Cell Growth Rate, and the Solution of the DNA C-Value Paradox", Journal of Cell Science 34 (1978):247-78.

7. Minimização de erro seqüencial. O seqüenciamento de aminoácidos nas proteínas e nucleotídeos das moléculas de DNA e RNA está estrategicamente fixado para minimizar o dano causado pelas mutações [???].Esta capacidade incorporada para a minimização de erros é igual ou ultrapassa os melhores esforços humanos em minimizar erros em coisas como programas de computador. FREELAND, Stephen J. e HURST, Lawrence D., "The Genetic Code is One in a Million", Journal of Molecular Evolution 47 (1998):238-48; LUDWIG, Mark A., "Computer Viruses, Artificial Life, and Evolution. Tucson, AZ: American Eagle Publication,1993.

8. A complexidade da vida mais simples. Os geneticistas têm determinado que a forma de vida mais simples exige um mínimo de 1.400 genes para sobreviver em independência.

9.Mesmo sob condições químicas ideais, com todas as moléculas pré-bióticas necessárias e a ausência total de moléculas contaminadoras, esta forma 'mais simples' de vida não teria condições de se agrupar sozinha, nem mesmo dentro do tempo da existência do universo! PATTERSON, Collin. Evolution, 2a. ed., Ithaca, NY: Cornell University Press, 1999, p. 22-23."
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Não é preciso ser adepto do “darwinismo fundamentalista” para reconhecer que a verdade ou falsidade de qualquer teoria da abiogênese não afetará nem minimamente a evolução, porque elas envolvem diferentes processos naturais.

De qualquer forma, ao contrário que Enézio pensa, a abiogênese não é uma teoria (o mesmo vale para outras teorias “grandes”).Não existe nenhuma “teoria da abiogênese”. Existem diversas teorias explicativas sobre a formação de cada tipo de composto orgânico.No total, essas teorias formam um programa de pesquisa.Mesmo considerando uma afirmação da evolução até o estágio de uma bactéria atual, existiriam os estágios: elementos químicos simples -> blocos de polímeros-> polímeros catalíticos +metabolismo abiótico do “pré-mundo de RNA” -> Mundo de RNA-> DNA/sistema de proteínas.Assim, as teorias da abiogênese lidam separadamente com seus domínios específicos.No total, a junção de teorias abiogênicas formam um paradigma (e existe mais de um programa de pesquisa neste campo).O experimento de Miller faz parte do teste de uma tese sobre a possibilidade de uma variedade de moléculas orgânicas serem formadas, e não de uma teoria geral sobre a origem da vida.É exatamente por isso que quando os livros-textos abordam esse experimento, não estão dizendo que uma coleção de compostos implica em vida.Esse experimento foi um passo importante, mas não suficiente para entender a origem da vida.Isso é deixado bem claro em livros como Evolução:Uma Introdução de Stearns e Hoekstra e Biologia Evolutiva (2ªedição) de Futuyma.

É importante que ela seja mostrada nos livros-textos porque a origem da vida é um evento que antecede o início da evolução biológica e alguns componentes estudados nestas pesquisas também fazem parte de estudos da bioquímica.A abordagem só poderia ser proibida, se ela estivesse na seção "Evolução" de um livro de biologia.

E a acusação (inspirada nas afirmações de Jonathan Wells em Ícones da Evolução) que a atmosfera da Terra não era nada parecida com a mistura usadas por Urey-Miller é falsa.Evidências mais recentes realmente indicam que a atmosfera não era fortemente redutora como Miller pensava, mas ainda ssim era moderamente redutora (Kasting,1993).Isso mudou um pouco mais recentemente, porque novos cálculos mostraram que existia uma quantidade de hidrogênio consideravelmente maior do que se pensava anteriormente (Robinson,2005).

Uma coisa desprezada pelo autor do artigo é que foram feitos experiências com atmosferas de outras composições além daquela fortemente redutora (Miller,1987). Além disso, fendas hidrotérmicas (gêiseres do fundo do mar) podem produzir significantes quantidades de gases redutores -eles são fontes importantes de gases redutores atmosféricos ainda hoje, emitindo cerca de 1% de metano (Kasting & Brown,1998) e produzindo hidrogênio redutor e hidrogênio sulfídrico (Perkins,2001) e potencial amônia pré-biótica (Chyba,1998).Entre outras fontes não-atmosféricas está incluída a síntese de compostos orgânicos em um oceano redutor (Chang,1994) e aquíferos vulcânicos (Washington,2000).

Outra “controvérsia” seria a presença de oxigênio na atmosfera da Terra, que inviabilizaria as reações químicas. Na verdade, quase todos os investigadores que trabalham no estudo da atmosfera primitiva alegam que o oxigênio era essencialmente ausente durante o período em que vida originou (Copley, 2001) e conseqüentemente o oxigênio não poderia ter um papel para impedir a síntese química. As fontes dos dados incluem depósitos fluviais arenosos de uraninite (Rasmussen & Buick,1999) e formações unidas do ferro (Copley, 2001), que não poderia ter sido depositado sob circunstâncias de oxidação. Há também os dados da química da crosta que sugerem que o oxigênio era essencialmente ausente da atmosfera primitiva (Kump et al., 2001).Outros dados mostram que o nível de oxigênio não começou a se elevar significativamente até 1,5 bilhões de anos depois que a vida foi originada (Copley,2001).

Dizer que os experimentos de Urey-Miller são irrelevantes para a compreensão do surgimento de aminoácidos *(1) e outros biomonômeros é completamente falso.

Sobre as pesquisas referentes à origem da vida o Sr.Almeida Filho diz que até hoje não “conseguimos ir além desses insignificantes aminoácidos”, mas essa alegação é falsa.Veja por exemplo esse artigo de J.P. Ferris, Leslie Orgel, et al. intitulado “Synthesis of long prebiotic oligomers on mineral surfaces” onde conseguiram induzir em superfície mineral a formação de cadeias com 55 aminoácidos de comprimento, um tamanho maior que a metade da proteína Citocromo C.Essa é uma das muitas pesquisas envolvendo longas seqüências de proteínas.A estimativa sobre plausibilidade da formação de um polímero não é feita só com experimentos, mas também com cálculos.Não se pode falar em grandes improbabilidades na formação de polímeros, quando existem ligases que auxiliam no processo.A ligase é uma enzima ou uma ribozima que adiciona um monômero a um polímero ou liga dois pequenos polímeros um com o outro. Um exemplo dele é o auto-replicador do grupo Ghadiri, que possui 32 aminoácidos.Como os aminoácidos ao todo são 20, então ele tem uma probabilidade de formação randômica de (1/20) elevado a 32. Entretanto, considerando um volume do oceano da terra primitiva de 10 elevado a 24 litros e uma concentração e a estimativa de uma sopa moderamente diluída de 10 elevado a -6 M (Chyba & Sagan, 1992) e que um quilo de aminoácidos tem 2,85 x 10 elevado a 24 moléculas, então o número de tentativas simultâneas em um oceano de moléculas é capaz de gerá-lo em espaço de tempo curto. Isso não é difícil imaginar, uma vez que segundo Ferris, Orgel e outros, é possível fazer cadeias de aminoácidos de 55 aminoácidos em 1 ou duas semanas.Com o conhecimento que temos hoje, podemos estimar a probabilidade de formação de oligonucleotídeos, poliaminoácidos e há trabalhos até que lidam com a probabilidade da formação de polímeros e replicadores de polímeros. Os cálculos para o auto-replicador de Ghadiri e outros compostos estão no artigo de Ian Musgrave do Talk Originis Archive intitulado “Lies , Damned Lies, Statistics, and Probability of Abiogenesis Calculations” .

No seu artigo complementar em defesa do artigo que foi publicado primeiramente, Enézio está certo em dizer cenários de 4 bilhões de anos atrás são pouco conhecidos e não podem ser reconstruídos (exceto o da síntese de biomonômeros e polipeptídeos), então o máximo que se pode fazer é propor aqueles que poderiam ter ocorrido.Mas o argumento "o evento original não pode ser reproduzido" implica na visão míope que a ciência só pode utilizar observação empírica direta para extrair explicações.A verdade é que muitas afirmações científicas podem ser deduzidas de observações indiretas (através de predições e/ou retrodições cumpridas).

Mais uma vez é necessário esclarecer que não existe "teoria da abiogênese" e sim teorias da abiogênese. Se muitas teorias sobre certos subdomínios não foram testadas, isso não afeta em nada as outras hipóteses abiogênicas que foram testadas e as conjecturas das outras talvez forneçam uma base útil para futuras pesquisas.Se grande parte da abiogênese ainda é desconhecida, isso significa que ainda não há tecnologia disponível para responder às questões (Garcia cit. Orgel,2003).

Os compostos químicos não deixam descendência, mas tem sua síntese ajudada por enzimas e ribozimas.Mesmo os últimos não são irredutivelmente complexos, porque leis químicas explicam a formação de polímeros.A alegação da inexistência de seleção natural pré-biológica é inválida.Desde que o primeiro replicador surge, já temos seleção.Se uma molécula de RNA surge haverá replicação.Erros ocasionais surgirão, gerando uma família de moléculas similares, mas não idênticas.Moléculas de RNA são identidades simples capazes de evoluir por seleção natural, o que é sugerido em experimentos de laboratório (Stearns & Hoekstra,2003.p.336).

Respondendo as questões que foram enumeradas por ele no artigo complementar:

1- É verdade que recentemente acharam traços químicos na Groelândia que sugerem que a vida surgiu a 3,8 bilhões de anos, o que encutaria o tempo disponível para abiogênese ocorrer em mais de 300 milhões de anos.Entretanto,isso ainda é incerto porque os traços pode ter sido causado por processos não-biológicos e assim poucos biólogos confiam isso como evidência da vida com firmeza (Ridley, 2006.p.552).

2- Quando falamos da relação entre geoquímica e abiogênese, a ausência de evidência não é evidência de ausência.Se nós assumirmos que uma sopa primordial foi formada como precursora do primeiro ser vivo, então todo o material orgânico ou útil de alguma forma foi consumido pelos primeiros organismos (ou o que seja) vivos*(2).

3-A alegação de Enézio leva em conta o pressuposto de alguns pesquisadores que a atmosfera é vulnerável a radiação ultra-violeta, mas a observação da atmosfera de Titan mostra que uma atmosfera assim é mais estável do que se imaginava previamente (Pavlov et al,2000).

Ainda assim, deve-se levar em conta que o DNA e o RNA são relativamente resistentes à luz ultravioleta, porque já se fez simulações indicando que as bases nitrogenadas absorvem e podem dispersar a radiação ultravioleta, protegendo o suporte principal da pentose-pentose-fosfato do RNA (Mulkidjanian et al., 2003).

Ainda que uma atmosfera redutora fosse instável, é questionável que a radiação ultravioleta fosse um problema.Vejam a conclusão de uma pesquisa sobre panspermia publicada na Scientific American Brasil:

"A luz ultra-violeta de alta energia do Sol é uma preocupação especial, porque quebra elos que mantém átomos de carbono unidos nas moléculas orgânicas.É muito fácil, porém, se isolar do ultravioleta;uns poucos milímetros de materiais opacos são suficientes para proteger as bactérias." (Warmflash & Weiss,2005,p.37).

Ou seja, é necessário apenas alguma proteção para as moléculas orgânicas.O caso da existência de meteoritos extraterrestres com compostos semelhantes aqueles sintetizados por Miller é explicado porque a radiação só é capaz de penetrar alguns milímetros na rocha.

No cenário da Terra pré-biótica, muitas moléculas não precisariam está expostas a luz ultra-violeta por muito tempo.Os maus raios poderiam ser totalmente dispersados pelas águas oceânicas ou superfícies minerais em que essas moléculas estariam (Cleaves e Miller,1998; Mullen,2003).

4- A questão de as proteínas só podem se reunir da presença de RNA e DNA ou as moléculas de DNA se reunirem na presença de RNA e proteínas se referem apenas a questão da vida com a configuração que conhecemos hoje.A mera interdependência não é um problema.Se é possível a co-existência dessas moléculas sem interdependência, então não há nenhum paradoxo.A argumentação antievolucionista diz que "DNA precisa de RNAs e proteínas e proteínas precisam de RNAs e DNA".Entretanto, se assumirmos que o primeiro replicador foi o RNA, o problema desaparece.Neste caso, nem o requerimento das proteínas para ajudar na replicação de ácidos nucléicos é necessário.É verdade que os RNAs trabalham em conjunto com enzimas de proteínas que ajudam a ligar os aminoácidos, mas os pesquisadores descobriram que os RNAs no ribossomo podem executar um passo crucial da síntese de proteínas sozinhos.A descoberta que o RNA tem propriedades catalíticas (que inclui a atuação na síntese protéica) e pode agir duplamente e ao mesmo tempo como enzima e superfície de replicação (Nogueira, 2007) abre caminho para postular que investigar como enzimas de RNA poderiam fabricar proteínas sem necessidade de proteínas não é mais o problema do ovo e da galinha.Os pesquisadores do "Mundo de RNA" acreditam que os primeiros estágios da evolução da vida todas as enzimas eram RNAs e não proteínas.Esse cenário também implica que o próprio RNA pode ter tido precursores simples, como o PNA.

É verdade para antes de o DNA ter surgido,o RNA devia está presente.E que o RNA é mais estável em soluções que o DNA, já que o U se forma com mais facilidade que o T em experimentos; mas em meio intracelular,o DNA é mais estável e tem maior capacidade de armazenar informações(Ridley,2006.p.552), o que pode ter favorecido a tomada do poder do DNA como replicador.

5-O fato de as membranas biológicas só se agruparem quando o DNA, RNA e as proteínas estão presentes não torna inviável a evolução de uma célula com as configurações atuais.Só significa que um sistema precursor desta estrutura deveria ter existido para que a transição do mundo pré-biótico até a célula fosse viável.Para estruturas pequenas há suporte experimental de modelos de protocélulas como microesferas e marigrânulos.Para estruturas maiores já foram sugeridos algumas possibilidades.Numa, o berço da vida teria sido a estrutura porosa de pequenas cavidades em minerais de sulfito de ferro, e que essas microcavidades teriam sido precursores de paredes celulares (Martin & Russell,2003).Em outro estudos, há não somente argumentos teóricos a favor, mas também alguma evidência experimental (ver: Hanczyc et al,2003;Deamer et al,2002).

6-É dito que a organização das biomoléculas gera impasse e frustação nos pesquisadores , mas não é explicado como.a)É verdade que "a função celular exige os tipos exatos de moléculas de proteínas, de RNA e de DNA", mas o fato é que num mundo pré-biótico alguns tipos de moléculas teriam se disseminado (ou sido aproveitadas) mais que as outras , ora pela sua estabilidade química , ora pela agilidade diferencial de replicação por parte dos replicadores.
A dinâmica das enzimas protéicas e dos replicadores de ácido nucléico que poderia ter ocorrido no mundo pré-biótico são coisas estudadas em laboratório e matematicamente (ver "nota bene 2") .b)Isso se refere as células eucarióticas, recheadas de organelas especializadas que cumprem diversas funções úteis para as moléculas biológicas.A forma mais simples de vida não precisava de toda essa organização porque uma célula procarionte tem um citoplasma muito simples, onde os ribossomos são as únicas organelas; c)Não é verdade que a evolução até o primeiro organismo é dificultado pelo fato que a função celular exige "uma específica proporção de nucleotídeos funcionais e não-funcionais".Isso porque organismos unicelulares mais primitivos não tem íntrons (trechos sem sentido do DNA) ou eles são raros.Eles não podem ter tido uma proporção mais alta porque simplesmente isto é impossível para seu maquinário celular.Seu splicing (sistema de corte-e-ligação do pré-MRNA) não consegue reconhecer éxons curtos no meio de um mar de íntrons como em organismos multicelulares (Ast,2005.p.55). E o que dizer da "necessidade de uma específica proporção de sequência de aminoácidos nas moléculas da célula"?!Até onde se sabe, o RNA orienta a síntese protéica, indicando não apenas a posição que eles devem ocupar na molécula protéica produzida, mas também os tipos de aminoácidos que serão utilizados.Essa organização é fonte do trabalho dos RNAs (ribossomal, transportador e mensageiro) e das proteínas do ribossomo, não de algo intríseco aos aminoácidos.Um sistema genético simples não precisaria ter toda essa acurácia de replicação do sistema DNA/proteínas atual.Um erro comum é pensar, por exemplo, que somente uma forma uma proteína funcional deveria existir, e qualquer alteração na seqüência daria errado.Muitas proteínas funcionalmente equivalentes tem boa parte de seus aminoácidos diferentes, de modo que uma proteína pode ter trilhões de sequências funcionais possíveis.

7-Os fatores de minimização de danos causados por mutações ocorrem devido a vários fatores:(a) As taxas de mutação estão sob influência da seleção natural sobre os replicadores;(b)A maior parte do DNA eucarioto (mais de 90%) é não-codificante.Assim a chance de uma mutação não alterar nada na região codificante é proporcional à quantidade de DNA não-codificante existente no genoma.Ter muito DNA não-codificante favorece a síntese de várias proteínas com um mesmo gene (Ast,2005.p.55,56);(c)64 trincas codificam apenas 20 aminoácidos.Isso significa que uma mutação que altere uma letra do códon, existirá a possibilidade de esse mesmo aminoácido ser codificado por outro códon.Existem oito aminoácidos em que a trinca é determinada pelos dois primeiros nucleotídeos. O terceiro poderá ser qualquer outro, que ainda assim não haverá nenhum problema.(d)Como a função de uma proteína é determinada por sua estrutura dimensional, existe a possibilidade que um aminoácido seja trocado por outro de característica semelhante (polaridade, tamanho, etc.) sem afetar a funcionalidade da proteína;(e) em organismos com especialização multicelular, se a mutação não ocorrer nos tecidos germinativos, ela não será passada adiante.Mesmo que aconteça nos tecidos germinativos, se a mutação ocorrer depois do indivíduo se reproduzir, ela também não será passada adiante.Devido a isso e a outros fatores, é altamente improvável que um indivíduo receba mutações, ao mesmo tempo, na mesma célula, na mesma região do genoma.

8-Não é verdade que a forma mais simples de vida necessite 1.400 genes para sobreviver em independência.Como isso seria possível se a bactéria Carsonella ruddii necessita de uma quantidade mínima de 182 genes codificadores de proteína para sobreviver (Thar,2006) ?Este é o cenário mais pessimista para a explicação da forma mais simples de vida.A verdade é que qualquer ser que possuíse uma molécula autoreplicante (como o RNA) e metabolismo poderia ser chamado de vida.

9-O absurdo deste argumento está em se apelar a autoridade, sem mostrar a metodologia que tornou possível postular tal improbabilidade.Consequentemente, mostrar um suposto cálculo apresentado num livro, não encerraria a questão nem que o argumentador fosse o atual Prêmio Nobel em Química.Só seria possível calcular a probabilidade de toda a abiogênese se que a vida tivesse evoluído randomicamente de um punhado de aminoácidos e de nucleotídeos diretamente para uma célula, ou seja, ignorando as inúmeras possíveis formas diferentes que o primeiro replicador poderia ter tido.Também, todo o cálculo de probabilidade da abiogênese deveria examinar todas as formas funcionais possíveis de todas as macromoléculas de um organismo. Mas como tudo isso ainda é impossível, então cálculos como o de Patterson são completamente inúteis.O já citado artigo de Musgrave é instrutivo porque mostra a abordagem peseudocientífica dos "cálculos inviabilizadores da abiogênese" (como os de Fred Hoyle e Duane Gish), que não levam em conta os estágios intermediários possíveis da evolução química (elementos químicos simples, polímeros,replicador de polímeros, hiperciclos e protobiontes) e fazem muitas simplificações erradas como ignorar o número de enzimas e ribozimas funcionais existente num polímero.A validade de qualquer conclusão sobre a probabilidade de geração espontânea da vida não depende de argumentos de incredulidade e cálculos absurdos.

*Nota bene(1):Ao dissertar sobre um livro-texto num artigo intitulado "O MEC não adverte: os livros-texto de Biologia do ensino médio fazem mal à educação - Parte 2" em seu blog , Enézio diz:"Sem destacar os problemas sérios com o experimento de 1953, AMABIS & MARTHO (1997 e 2002) informam aos alunos que misturas de gases mais reais ainda produzem “diverso tipos de moléculas orgânicas” (2002, p. 8), sem informá-los de que aquelas moléculas incluem elementos químicos tóxicos tais como cianureto e formoldeído, mas não inclui aminoácidos".A verdade é que ele não sabe que cianureto e formoldeído são tijolos construtores de importantes componentes químicos, incluindo aí os aminoácidos (Abelson, 1996); daí chega-se a conclusão que eles não são toxinas neste contexto.Além disso, os experimentos de Urey-Miller produziram sim aminoácidos e isso inclui a síntese no cenário pessimista (embora não tão provável) de atmosfera primitiva: aquela composta composta por nitrogênio, dióxido de carbono e vapor d´água (Schlesinger & Miller,1983).

*Nota bene (2):Agradecimentos a José Fontanari por ter me esclarecido esta dúvida sobre a relação de geoquímica e abiogênese via e-mail.Para quem não sabe, Fontanari é um famoso pesquisador brasileiro sobre a questão da origem da vida, principalmente no que se refere a dinâmica da evolução dos replicadores.Ele possui os artigos sobre o assunto:

FONTANARI, J. F. Moléculas Altruístas. Scientific American Brasil, São paulo, p. 48 - 55, 01 set. 2005.

FONTANARI, J. F. ; SANTOS, M. ; SZATHMARY, E. . Coexistence and error propagation in pre-biotic vesicle models: A group selection approach. Journal of Theoretical Biology, Nova Iorque, v. 239, n. 2, p. 247-256, 2006.

Parte 2:A Teoria da Descendência Comum Universal

"A teoria da evolução de Darwin é basicamente 'descendência com modificação' através da seleção natural na formação de novas espécies. É ponto pacífico que dentro de uma espécie ocorra descendência com modificação.É discutível, porém, que todos os seres descendam gradualmente modificados de uma forma ou de algumas formas originais. Se assim fosse, a história da vida seria representada pelo gráfico da árvore."
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A descendência com modificação não foi apenas observada apenas dentro da espécie, mas também em relações interespecíficas.A macroevolução já foi observada diretamente e indiretamente.Origem de uma nova espécie pela evolução já foi vista até em laboratório (Weinberg, et al., 1992) e um tipo de especiação merece atenção porque permite um estudo detalhado. É o caso do fenômeno “espécies-em-anel”, onde vemos diferenças devido a isolamento parcial dando origem a populações que se comportam como espécies separadas.É uma situação na qual duas populações que vivem em um mesma região e não se reproduzem estão conectadas por um anel geográfico de populações que se reproduzem.Este é o caso do pássaro Phylloscopus trochiloides e da salamandra do gênero Ensatina (Pazza,2004).A última possui tantas diferenças, que duas populações desenvolveram estratégias radicalmente diferentes para evitar predadores-uma exibe padrão críptico e outra mimetiza uma espécie de salamandra venenosa.Além disso, existem as evidências da descendência comum baseada em observação indireta. Elas incluem: anatomia comparativa, biologia do desenvolvimento comparativa, estudos comparativos bioquímicos e genéticos; padrões de biogeografia e o registro fóssil.

O que está por trás da afirmação "que todos os seres descendam gradualmente modificados de uma forma ou de algumas formas originais"?O gradualismo não é um mecanismo de mudança evolutiva.E também não é uma afirmação quanto a taxas ou tempo da evolução (Mayr,2005.p.122).Eventos geneticamente graduais são apenas restrições da área de variação biológica esperada entre duas gerações quaisquer quando observamos suas taxas genéticas, taxas morfológicas,etc. Assim, o gradualismo requer apenas restrição a possíveis mecanismos de descendência comum e adaptação, não afirmando nada sobre se a evolução deve ser constante,rápida, ocorrer frequentemente,etc.Acreditar que é "discutível que os seres descendem de um ancestral comum", porque não ser possível a história da vida esteja "representada pelo gráfico da árvore" mostra apenas uma confusão no entendimento de conceitos científicos.É análogo a dizer que "é discutível que a força entre duas massas sempre esteja de acordo com a lei do quadrado do inverso.Se assim fosse, a aceleração de todas as massas estariam de acordo com a existência de um valor exato da constante gravitacional G."A razão de seu comentário está incorreto é que a construção de uma "representação da vida no gráfico da árvore" não é possível, porque valores exatos de mensurações não são sabidos em ciência.Aproximações de mensurações não existem apenas em biologia evolutiva, mas em todas as ciências.O que não é impossível é construir uma árvore filogenética padrão, uma aproximação da verdadeira e única genealogia da vida.O mesmo poderíamos dizer sobre o conhecimento do valor exato da constante gravitacional universal, já que até este tem medidas independentes que desacordam.O que se pode fazer é construir uma constante gravitacional G padrão para que todas as massas sempre se acelerem em um valor específico que nunca seja massivamente inconsistente com ela.De modo similar, o que se pode fazer para testar a descendência comum universal é construir uma árvore filogenética padrão, onde toda filogenia específica seja compatível com ela.

Árvores são construídas a partir de dados, com a utilização de métodos que podem produzir árvores distintas.Se os dados são igualmente consistentes com diversos padrões de ramificação, o julgamento acerca das relações deve ser suspenso.Mas uma filogenia bem determinada pode realizar as predições da teoria da descendência comum universal se todos os métodos devem fornecer o mesmo ramo em um grande (e confiável) conjunto de dados e com cada ramo sendo bem sustentado.Por fim, considerando que qualquer filogenia com tais características é a melhor aproximação de uma verdadeira e única genealogia de todas as espécies, ela forma uma árvore filogenética padrão.Isso significa que apenas uma filogenia assim pode ser uma descrição realista e rigorosa da descendência comum.Um exemplo prático dela é esta árvore neste gráfico criado pelo bioquímico norte-americano Douglas Theobald (2004) no Talk Origins Archive.

Outra questão no teste de filogenias é explicar porque ela não prediz a exata congruência de mensurações filogenéticas construídas por dados independentes (seja por dados moleculares, embriológicos, paleontológicos e/ou morfológicos).Em caso de filogenias envolvendo muitos táxons, o simples fato de colocarmos muitas espécies num cladograma faz com que o número de árvores filogenéticas possíveis cresça fatorialmente, porque a fórmula para se calcular o número de árvores possíveis é NR=(2n-3)!! ou (2n-3)!/(2n-2(n-2)!), onde "n" é o número de táxons no cladograma.No caso de cinco espécies são 105 árvores possíveis.Em caso de 10, são 34.459.425.No caso de 15 espécies, são 213.458.046.676.875 árvores possíveis.Mas se se consegue reduzir o número de árvores prováveis para 34 , isso significa que se está fazendo uma mensuração com uma acurácia de uma parte em 1 milhão (34/34.459.425 árvores possíveis) .Se colocássemos 15 espécies,poderia-se estabelecer centenas de árvores prováveis e a acurácia seria considerada ainda maior.Como não existe mensuração perfeita na obtenção de valores independentes em ciência, cientistas utilizam estatísticas de análise de congruência , para estimar o quanto de discrepância a teoria permite para conflitos de árvores filogenéticas obtidas por dados independentes (sejam eles moleculares, embriológicos, morfológicos, etc.).Um dos cálculos de incongruência filogenética é o valor de P e o método mais popular de avaliação da confiabilidade de árvores é o bootstrapping (ambos serão analisados a seguir).Como se vê na parte 5 deste artigo, a evidência disponível existe um número excepcional de filogenias bem determinadas inferidas por métodos independentes combinando-se com significância estatística.Outra coisa deve ser analisada.Se a descendência comum fosse falsa, existiriam independentes filogenias com forte suporte mostrando nível de incongruência elevada.Como isso ainda não ocorre, percebe-se que ainda não surgiu dados que parecessem um problema sério para a teoria.

Se a descendência com modificação é aceitável dentro da espécie, porque não em relações intraespecíficas?Nunca observamos diretamente que todos os humanos descendendo gradualmente de um ancestral remoto, mas temos evidências impressionantes disso.Idem para a descendência com modificação em relações inter-específicas.

Algumas filogenias são consensuais e tem ramos bem-suportados, de modo que uma inversão nela refutaria a evolução.Por exemplo, a evolução prediz com certeza que humanos já tiveram ancestrais caudados,assim como os primeiros primatas.Taxonomistas englobam humanos, chimpanzés, gorilas, orangotangos e gibões na Superfamília Homonoidea e são justamente esses animais que compartilham a sinapomorfia "ausência de cauda".Podemos citar um exemplo de uma evidência que confirma uma hipótese da filogenia de consenso universal e outro que a contradiga?Sim, a existência de atavismos em bebês humanos que possuem caudas , fato registrado na literatura médica (ver fotos no link).Como isso pode ocorrer? Na cauda embrionária, existente em nós humanos, e em outros macacos, em determinado estágio essas células morrem.Porém, uma mutação faz com que as células da cauda morram um tempo após terem sido formadas. Da mesma forma que uma mutação fixada na maioria da população é responsável pela ausência da cauda na maioria de nós, mutações raras podem fazê-las reaparecer em alguns indivíduos.Os primeiros primatas tinham caudas e a ausência delas é uma característica derivada que é existente em apenas em cinco grupos primatas que representam a Superfamília Hominoidea.Vértebras e cartilagem têm ocasionalmente sido encontradas em caudas humanas. De qualquer forma, vértebras não são um requerimento para caudas. M. sylvanus é um exemplo perfeito de primata cuja cauda carnuda não têm vértebras. Nós agora sambemos os genes responsáveis pelo desenvolvimento das caudas em mamíferos, e que todos os humanos os têm. Muita dessas caudas são complexas estruturas compostas de camadas simétricas de músculos voluntários, vasos sangüíneos, nervos especializados e órgãos sensitivos, são raramente herdadas, ainda que vários casos familiares sejam conhecidos. Em um caso isso foi herdado por pelo menos três gerações de indivíduos do sexo feminino. (Standfast,1992).Não seria indício de ancestralidade comum se fossem homoplasias, mas não são. Os genes existem e produzem a cauda que permanece em todos os animais até um certo período de gestação, quando nos primatas mais modernos elas regridem.Baseado na hipótese da descendência comum e na árvore filogenética padrão , podemos esperar ver caudas atávicas em humanos, mas essa hipótese poderia ser confirmada como falsa se víssemos algum caso de bebê nascer com escamas.

Há evidência até para o caso em que todos estão agrupados num único grande táxon universal.Por exemplo, sabe-se que todos os seres dos cinco reinos tem um genoma baseado em ácidos nucléicos e o mesmo código genético que usam os mesmos códons e aminoácidos porque descendem de um ancestral comum, poderia se encontrar uma evidência contrária falseadora se descobrissem algum organismo com um genoma que não é baseado em ácidos nucléicos ou que utilize o mesmo código genético com códons e aminoácidos diferentes.Uma vez que ter exatamente as mesmas trincas que codificam exatamente os mesmos aminoácidos não é funcionalmente necessário e nem se deve a razões de afinidades químicas , a explicação mais racional é que ele é um "acidente congelado",onde um desvio seria letal.Um organismo que lesse GGC como fenilalanina em vez de glicina, morreria ainda no estágio de ovo (Ridley,2006.p.81).

Por fim, é bom esclarecer que a teoria da descendência comum universal é a única que pode dar conta de explicar cientificamente da unidade, diversidade, e padrões da vida terrestre.Ela pode ser testada independentemente dos mecanismos teóricos.Ela também é considerada fato científico pela maioria dos biólogos, embora algumas teorias evolutivas sobre os mecanismos evolutivos possam não ter o mesmo status.

COMO AS FILOGENIAS SÃO CONSTRUÍDAS E AVALIADAS?

Para entender como a descendência comum é descrita pelas filogenias é necessário compreender a metodologia da sistemática filogenética.A biologia evolutiva está constantemente tentando encontrar grupos monofiléticos.Quando um grupo é considerado monofilético, isso quer dizer que todos os ancestrais daquele grupo são derivados de um ancestral comum, o qual não é ancestral de nenhum outro grupo.A abordagem a sistemática, conhecida atualmente como cladística, foi formulada por Willi Hennig e estabelece que as sinapomorfias - estados de caráter unicamente compartilhados e derivados- são filogeneticamente informativas.Assim, se compararmos o traço “número de dígitos”, ele não seria relevante numa análise filogenética entre humanos, lagartos e cavalos, já que é ancestral a todos os três.Mas se considerarmos cavalos, zebras e humanos ele seria relevante, pois se encontra num estado derivado por cavalos e zebras em relação a humanos.A similaridade primitiva herdada de um ancestral distante é chamada de plesiomorfia.As que são derivadas são chamadas de apomorfias.Uma sinapomorfia em níveis taxonômicos mais altos pode representar uma plesiomorfia desinteressante em níveis inferiores.Um exoesqueleto quintinoso ajuda a distinguir artrópodes de anelídeos e dos moluscos, mas não é útil na distinção entre espécies de borboletas.Se as espécies A, B e C reunem mais traços comuns entre si que D, E e F (e com um postulado ancestral comum mais recente por causa disso), então pelo critério da parcimônia, uma característica em comum compartilhada por D,E e F é provavelmente ancestral.É possível a codificação dos caracteres, de forma que os mesmos possam ser utilizados em um algoritmo, manual e automatizado.Procura-se a árvore mais simples, aquela que necessita menor número de alterações de caráteres.Cada ramo de uma árvore filogenética deve ser sustentado por pelo menos uma sinapomorfia, um estado derivado do traço compartilhado por todas as espécies.Essa técnica descreve quais estados de caracteres são primitivos e quais são derivados.Não existe nenhum grupo primitivo ou derivado.Um sapo não é "primitivo" em relação a répteis e mamíferos, ele é uma espécie totalmente moderna, mas que reteve alguns traços primitivos dos ancestrais de répteis e mamíferos que muito provavelmente existiram no Devoniano.

Assim, as sinapomorfias são vistas em estudos comparativos bioquímicos, genéticos, embriológicos e morfológicos.Traços comuns podem ser vistos através de homologias e de estruturas vestigiais.Homologia significa uma mesma estrutura em diversos organismos que tem uma variedade de formas e funções.Para a sistemática filogenética, ela significa também uma hipótese que pode ser testada e existe apenas quando a estrutura deriva de um ancestral comum(ver parte 6 deste artigo). Quando a estrutura existe devido a evolução convergente, reversão evolutiva ou evolução paralela é chamada de homoplasia.Por fim, estrutura vestigial é um caráter reduzido e incipientemente desenvolvido comparado a uma mesma estrutura complexa existente em outro organismo.

A evidência para a ancestralidade comum não começa com a construção de filogenias e a diferenciação de homologia ou homoplasia e sim com os testes de agrupamento de muitos traços. Eles mostram que os organismos agrupam naturalmente em uma hierarquia aninhada. Cada um dos táxons tem várias sinapomorfias que as distinguem de outros táxons. Traços não são facilmente misturados e igualados em grupos de organismos. Por exemplo, flores são vistas apenas em plantas que carregam vários outros caracteres que as distinguem como angiospermas.Todas as espécies em um grupo irão compartilhar traços herdados de seu ancestral comum. Mas, cada grupo e subgrupo (de espécies até táxons superiores como filos) terá evoluído seus próprios traços únicos.Ocasionalmente, as gimnospermas poderiam ser encontradas com flores, mas não são.Alguns pássaros poderiam ser encontrados com glândulas ou pêlos, mas não são.Ter penas seria muito útil como isolante térmico em mamíferos, mas essas e outras características não existem devido à restrição de descendência.A idéia da estrutura hierárquica na cladística pode ser comprovada estatisticamente através do índice de consistência (Klassen, 1991).O índice de consistência é o número mínimo de passos que o caracter pode mostrar (m), dividido pelo número de passos que ele efetivamente mostra em um dado cladograma (s).Klassen testou o IC de 75 cladogramas.O valor do IC depende do número de táxons no cladograma.Para um CI ao redor de 0,2 para 20 táxons, é considerado uma correlação boa em termos estatísticos.Mas se ele estivesse abaixo de 0,1 para esse número de táxons , seria o indicativo de uma estrutura anti-cladística (Theobald,2004). Encontrar um organismo que misturasse facilmente traços de mais de um táxon, como um animal metade-mamífero, metade-ave destruiria a hipótese da estrutura hierárquica cladística que é confirmada estatisticamente.Entretanto, como um animal desse tipo nunca é encontrado, e esse padrão sugere descendência comum.Existem agrupamentos de similaridades que não sugerem isso.As similaridades utilizadas em fabricações de automóveis seguem o padrão do gosto de um consumidor, mas não se agrupam hierarquicamente, porque os traços são facilmente igualados nos grupos e nos subgrupos.Agora, os vários idiomas do mundo estarão aproximadamente agrupados hierarquicamente, porque existe uma semelhança tênue com o aninhamento que ocorre na vida.Agrupar organismos hierarquicamente foi praticado primeiramente por Linnaeus, um criacionista.Isso mostra que esse tipo de agrupamento não é uma suposição evolucionista.Agrupar sugerindo muitos traços comuns é a principal evidência da ancestralidade comum.

Além disso, é necessário esclarecer o que é “representar a história da vida no gráfico da árvore” :construir uma filogenia e a ordem da sequência evolutiva da filogenia . A filogenia é uma hipótese acerca das relações como uma árvore genealógica, independente de a árvore está "enraizada" ou não.E a filogenia "enraizada", é a genealogia com a seqüência evolutiva especificada na árvore, ou seja, é uma filogenia com uma árvore "enraizada", geralmente tendo um grupo externo sobre controle.O grupo externo geralmente é um grupo irmão dos táxons comparados.Por exemplo, um peixe seria um grupo externo de uma filogenia de tetrápodes.Numa árvore filogenética, todas as partes são inferidas, exceto pelas dos ramos, as quais são espécies observadas e descritas, viventes ou fósseis.Espécies fósseis são usualmente interpretados como ponta de ramos extintos, não como ancestrais viventes das espécies atuais. Filogenias da cladística são baseadas na morfologia.Assim, se tem uma filogenia bem-suportada, a ordem em que os organismos são requeridos para surgir são preditos detalhadamente baseados nessa filogenia, e dados distintos (moleculares, paleontológicos, etc.) devem apresentar congruência com ela, caso ela seja verdadeira.

A maneira como se determina a cronologia dos ancestrais comuns está de acordo com o princípio da parcimônia.Podemos mostrar como funciona o critério da parcimônia na construção de árvores.A hipótese é que a evolução só faz sentido se proceder parcimoniosamente.Um exemplo, se se põe num cladograma, um urso, um chimpanzé e um homem e temos duas hipóteses: uma que agrupa o chimpanzé com o homem.E outra que agrupa o chimpanzé com o urso. As características semelhantes dos primatas são inovações. Inovações são eventos improváveis.Na primeira hipótese, as características semelhantes dos primatas se originam somente uma vez, e na segunda hipótese surgiram duas vezes.Utiliza-se o critério da parcimônia.A primeira árvore necessita menos inovações (mutações genéticas).E ela não é automaticamente verdadeira, mas é a melhor hipótese.Uma mudança evolucionária tal como as que envolvem novas características pode ser considerada como custo. Portanto, este método tenta encontrar o custo evolucionário mínimo de uma árvore se baseando nos estados derivados compartilhados por pares de táxons (é feita uma matriz dos estados de caracteres compartilhados).Para a evolução,a ameba é uma espécie tão moderna quanto nós.O que acontece é que o ancestral inferido pela evolução é unicelular, porque seria contra o princípio da parcimônia se a multicelularidade tivesse surgido várias vezes independentemente.Filogenias também refletem o grau de parentesco.Por exemplo, se mamíferos estão mais próximos entre si que peixes em grau de parentesco por linhas de evidência independentes, isso se deve ao fato que eles estão conectados pelo mesmo ancestral comum.

O método de construção de árvore da máxima parcimônia se aplica a dados morfológicos ou moleculares, ou ambos. Para seqüências de DNA com homoplasias usuais, geralmente são aplicados outros métodos, como métodos de distância e a máxima semelhança.No primeiro caso, a método começa pelo cálculo de distância entre todos os pares de espécies.No segundo, a árvore é encontrada considerando um grande conjunto de árvores candidatas hipotéticas e utilizando-se a estatística de um método computacional.

Existem diferentes métodos para calcular a confiabilidade de uma árvore.Um notável é o bootstrapping que faz isso por meio de softwares e da amostragem dos dados originais, calculando uma nova árvore com o banco de dados e repetindo o processo muitas vezes.Os valores de bootstrap são as porcentagens de casos nos quais os grupos aparecem na árvore resultante.Valores de bootstrap indicam que uma filogenia tem suporte quando um ramo é ótimo em 90% das subamostras e aqueles com valor abaixo de 70% são vistos com suspeitas (Stearns & Hoekstra,2003.p.249).Isso mostra que algumas filogenias são menos confiáveis porque os dados são igualmente consistentes com diversos padrões de ramificação.Só as que tem forte suporte representam uma descrição realista e rigorosa da descendência comum.Tais técnicas cladísticas não são coisas abstratas que nunca detectam árvores verdadeiras e sem utilidade prática.Elas já demonstraram que um dentista transmitiu HIV para seus pacientes, comparando os genomas dos vírus das pessoas infectadas e de suspeitos (Hillis et al,1996).Há outro caso onde a filogenia com 135.135 árvores possíveis de bacteriófagos que se propagaram na presença de mutágenos, a árvore verdadeira foi apontada indepentemente por cinco diferentes métodos (Hillis et al., 1992).

Como são calculadas as discrepâncias das filogenias? Tem um sub-artigo do já citado artigo de Douglas Theobald "29+ Evidences for Macroevolution: The Scientific Case for Common Descent" intitulado "Some Statistics of Incongruent Phylogenetic Trees" que mostra como é calculada a congruência estatística desses dois dados independentes.O valor de P, mede a incongruência estatística entre árvores independentes.Ela é a razão do número máximo de árvores inconsistentes sobre o número total de árvores possíveis.Quem quiser calcular, é só ir a esse link na seção "P-value Calculator", digitar o número dois em "Number of Trees" (número de árvores comparadas), digitar o número de táxons envolvidos na árvore em "Number of Taxa" e o número de ramos de cada árvore que se tem que "cortar" para que as duas fiquem idênticas em "Number of Incongruent Branches".

No artigo de Theobald é mostrado a análise das filogenias dos crocodilianos (envolvendo oito táxons) construídas com dados morfológicos e moleculares.Ela tem um valor de P de 0,000769. Dado que existem 135.135 árvores possíveis, seria muito fácil que as duas árvores não convergissem , mas só há um único ramo inconsistente.

Segundo o artigo, existe elevada significância estatística quando P é menor que 0,01; significância estatística, quando P é menor que 0,05; valor equívoco, quando P está entre 0,05 e 0,50; e valor altamente insignificante, quando P é maior que 0,50.


Referências:
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Theobald, Douglas L. “29+ Evidences for Macroevolution: The Scientific Case for Common Descent." The Talk.Origins Archive. Vers. 2.83. 2004. 12 Jan, 2004 <http://www.talkorigins.org/faqs/comdesc/>

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