Após comparar todos os genomas, os pesquisadores
descobriram que o lobo japonês faz parte de um ramo evolutivo de lobos
que surgiu há 20.000 a 40.000 anos. Alguns lobos desse ramo evoluíram
para os lobos japoneses, enquanto outros se ramificaram e deram origem
aos cães modernos.
Momotarou2012 via Wikicommons sob CC BY 3.0
O lobo-japonês ( Canis lupus hodophilax ) é uma subespécie menor de lobo-cinzento, distintamente conhecida por sua pequena estatura, semelhante à do border collie, , da Science relata David Grimm
. Os canídeos eram endêmicos de Honshu, Shikoku e Kyushu, no
arquipélago japonês, e eram reverenciados como guardiões de fazendeiros e
viajantes. Eles foram extintos no início do século XX, há cerca de 100 a
120 anos, após uma epidemia de raiva no século XVII, que provocou o
extermínio da espécie.
Como os lobos atuais não são parentes muito próximos dos cães atuais,
os cientistas suspeitam que os cães modernos evoluíram de uma única
população de lobos cinzentos extintos, relata Michael Le Page para a New Scientist
. Agora, pesquisadores comparando dados genéticos de espécimes
preservados de lobo japonês descobriram que o canídeo pode ser mais
parente dos cães do que qualquer outro lobo encontrado até agora. Os
resultados desafiam outras regiões propostas onde a domesticação de cães
pode ter ocorrido, como o Oriente Médio e a Europa Ocidental, de acordo
com um novo estudo publicado no servidor de pré-impressão bioRxiv em 11 de outubro.
No início deste ano, um estudo publicado na iScience
em janeiro de 2021 descobriu que o lobo japonês era intimamente
relacionado aos lobos siberianos, que antes eram considerados extintos
no final do Pleistoceno, e evidências mais recentes descobriram que
filhotes modernos podem ter vindo da Sibéria, relata a Science .
Para verificar se os lobos japoneses são parentes dos cães modernos,
cientistas sequenciaram nove genomas de lobos japoneses a partir de
espécimes de museu, relata a Science . O autor principal,
Yohey Terai, biólogo evolucionista da Universidade de Pós-Graduação para
Estudos Avançados em Hayama, Japão, e sua equipe também sequenciaram 11
genomas de cães japoneses modernos, incluindo o Shiba Inu. Todas as
sequências foram então comparadas com genomas de raposas, coiotes,
dingos e outros lobos e cães modernos de todo o mundo.
Após comparar todos os genomas, os pesquisadores descobriram que o
lobo japonês faz parte de um ramo evolutivo de lobos que surgiu há
20.000 a 40.000 anos. Alguns lobos desse ramo evoluíram para os lobos
japoneses, enquanto outros se ramificaram e deram origem aos cães
modernos, relata a New Scientist . A divisão entre os lobos japoneses e os cães atuais pode ter ocorrido no Leste Asiático.
“Se for verdade, isso é muito importante”, disse Laurent Frantz,
geneticista evolucionista da Universidade Ludwig Maximilian de Munique,
que não participou do estudo, à Science. “É a primeira vez que vemos uma população de lobos próxima à dos cães.”
No entanto, nem todos os cães apresentam sobreposição genética com o
lobo japonês. Cães orientais, como o dingo, o cão-cantor da Nova Guiné e
outras raças japonesas, compartilharam 5% de seu DNA com os lobos
japoneses. Cães ocidentais, como labradores e pastores alemães,
compartilharam muito menos material genético. Cientistas suspeitam que
os lobos japoneses possam ter cruzado com cães que migraram para o leste
e, posteriormente, esses cães cruzaram com cães ocidentais, deixando a
assinatura genética dos lobos japoneses, segundo a Science .
Para confirmar se os cães surgiram no Leste Asiático, Terai espera extrair DNA de ossos de lobos antigos encontrados na região, relata a New Scientist
. Mais dados são necessários para saber se os cães modernos e os lobos
japoneses compartilham um ancestral comum, mas a descoberta é um passo
na direção certa.
"Este é um grande passo à frente", disse Frantz à Science . "Os lobos são a chave para entender os cães, então será muito emocionante ver onde isso vai dar."
O dingo moderno é descendente de cães e lobos antigos
da China e do planalto tibetano e não de cães domésticos do continente
australiano, pesquisadores por trás de um novo relatório de estudo.
Usando 42 amostras antigas de DNA de restos de ossos e dentes de dingo
alojados em museus e escavados em cavernas e outros locais, os
pesquisadores datam a chegada dos icônicos caninos à Austrália através
de comerciantes do Pacífico entre 3.000 e 8.000 anos atrás.
Os
cientistas também encontraram evidências de duas populações regionais
distintas que se desenvolveram após o grupo de dingos do sudeste ter
cruzado com cães cantores da Nova Guiné, desafiando a ideia de que a
divisão foi o resultado de cruzamentos com cães trazidos pelos europeus
quando colonizaram a Austrália.
A conservação dos dingos tem sido motivo
de debate porque eles são vistos como cães selvagens cujo número
precisa ser controlado. Mas Mike Letnic, especialista em dingo da
Universidade de Nova Gales do Sul, não envolvido no estudo, disse ao The Guardian que as descobertas “ acabaram com a ideia de que os dingos são híbridos sem valor de conservação”. .”
quinta-feira, 12 de setembro de 2024
O fluxo gênico interespecífico moldou a evolução do gênero Canis
Biologia Atual, Volume 29, Edição 23, 2 de dezembro de 2019, Páginas 4152
Shyam
Gopalakrishnan, Mikkel-Holger S. Sinding, Jazmín Ramos-Madrigal, Jonas
Niemann, Jose A. Samaniego Castruita, Filipe G. Vieira, Christian Carøe,
Marc de Manuel Montero, Lukas Kuderna, Aitor Serres, Víctor Manuel
González-Basallote, Yan -Hu Liu, Guo-Dong Wang, Tomas Marques-Bonet,
Siavash Mirarab, Carlos Fernandes, Philippe Gaubert, Klaus-Peter
Koepfli, Jane Budd, Eli Knispel Rueness, Claudio Sillero, Mads Peter
Heide-Jørgensen, Bent Petersen, Thomas Sicheritz- Ponten, Lutz Bachmann,
Øystein Wiig, Anders J. Hansen, M. Thomas P. Gilbert
Extenso fluxo gênico no gênero Canis , especialmente entre o grupo coroa
•
Contribuição genética de um canídeo desconhecido para o ancestral do lobo cinzento e do coiote
•
O lobo dourado africano possivelmente uma espécie híbrida, do lobo cinzento e do lobo etíope
•
Possível mistura antiga entre o dhole e o cão de caça africano
Resumo
Semelhantes a lobos A história evolutiva dos canídeos do gênero Canis
tem sido fortemente debatida, especialmente no que diz respeito ao
número de espécies distintas e suas relações em nível de população e
espécie [ 1 , 2 , 3 , 4 , 5 , 6 ]. Reunimos um conjunto de dados de 48 genomas ressequenciados abrangendo todos os membros do gênero Canis, exceto os chacais de dorso preto e listrado lateral, abrangendo a diversidade global de sete linhagens de canídeos existentes . Isso inclui oito novos genomas, incluindo o primeiro lobo etíope re-sequenciado ( Canis simensis ), um dhole ( Cuon alpinus ), dois cães de caça da África Oriental ( Lycaon pictus ), dois chacais dourados da Eurásia ( Canis aureus do Oriente Médio ) e dois lobos cinzentos ( Canis lúpus ). As relações entre o lobo etíope, o lobo dourado africano e o chacal dourado foram resolvidas. Destacamos o papel da hibridização interespecífica
na evolução deste grupo carismático. Especificamente, encontramos fluxo
gênico entre os ancestrais do dhole e do cão de caça africano e mistura
entre o lobo cinzento e o coiote ( Canis latrans
), chacal dourado e lobo dourado africano. Além disso, relatamos o
fluxo gênico dos lobos cinzentos e etíopes para o lobo dourado africano,
sugerindo que o lobo dourado africano se originou através da
hibridização entre essas espécies. Finalmente, levantamos a hipótese de
que coiotes e lobos cinzentos carregam material genético derivado de uma linhagem canina basal “fantasma”.
O conjunto de dados do genoma analisado neste estudo contém 12 lobos cinzentos e 14 cães, escolhidos em regiões que se sobrepõem às áreas atuais dos outros canídeos
basais incluídos neste estudo, cinco coiotes, um lobo etíope, três
chacais dourados, seis lobos dourados africanos (originalmente Canis anthus , mas recentemente reclassificado como Canis lupaster [ 1 ]), dois dholes , quatro cães de caça africanos e uma raposa andina ( Lycalopex culpaeus ) ( Figura 1 ). O sequenciamento de leitura curta das amostras e o subsequente alinhamento com a montagem do genoma do lobo recentemente publicada [ 7 ] resultaram em coberturas de todo o genoma variando de 0,6 a 26,6 × (para detalhes, consulte Dados S1 ). em todo o genoma As estimativas de heterozigosidade ( Figura S1
) mostram claramente níveis reduzidos no lobo etíope, no cão de caça
africano e no dhole, uma observação que é consistente com o seu pequeno tamanho populacional . reconstruídas filogenéticas As relações dentro deste grupo de canídeos ( Figura 2
B) são de considerável relevância à luz do extenso debate anterior
sobre as relações entre o lobo etíope, o chacal dourado e o lobo dourado
africano [ 2 , 3 , 4 , 5 ]. Nossos resultados corroboram a proposição recente baseada em dados mitocondriais [ 2 , 3 ] e nucleares [ 4 , 6 ] de que o lobo dourado africano é evolutivamente distinto do chacal dourado ( Figura 2 C, painel rotulado 16), mas também que o etíope o lobo cai na base de ambos ( Figura 2 C, painel rotulado como 12) [ 5 ]. Por conveniência, doravante nos referimos a cinco espécies de canídeos, viz
. o lobo etíope, o lobo dourado africano, o chacal dourado, o lobo
cinzento e o coiote, como “o grupo da coroa”, a fim de distingui-los dos
dholes mais básicos e dos cães de caça africanos.
A colocação do lobo
etíope como grupo basal neste clado é consistente com topologias de árvores obtidas em análises filogenéticas anteriores baseadas em sequências genéticas concatenadas [ 5 ] e análises coalescentes multiespécies mais recentes [ 4
] de conjuntos de dados que consistem em um subconjunto de exônicos e
intrônicos sequências, mas difere da topologia baseada em análises
concatenadas no último estudo. Notamos que esta filogenia baseada no ADN
nuclear também coloca os cães como um clado irmão do clado europeu. lobos cinzentos
.
No entanto, alertamos que esta colocação tem apenas suporte moderado
(0,86 média de probabilidade local posterior); além disso, as
frequências do quarteto da árvore genética de resoluções alternativas
dentro dos ramos do lobo-cinzento são comparáveis àquelas recuperadas
na árvore principal ( Figura 2
B, painel rotulado como 20-22) e, portanto, nenhuma conclusão pode ser
tirada sobre qual população de lobo deu ascender aos cães. Na verdade,
nossas descobertas não são incompatíveis com as hipóteses sugeridas
anteriormente [ 9 ] de que (1) o cão foi domesticado a partir de uma população de lobos agora extinta e/ou (2) a diversidade genômica da população de lobos cinzentos da Eurásia foi reduzida desde o evento de domesticação.
Figura 1 . Mapa mostrando as faixas da IUCN, sobreposições de faixas e locais de amostragem dos canídeos incluídos neste estudo
As sobreposições nas faixas são mostradas em cores mescladas (laranja, roxo escuro, verde oliva
escuro , verde-azulado claro, etc.). Como a IUCN não possui informações
sobre a área de distribuição do lobo dourado africano, a área de
distribuição do chacal dourado da IUCN foi dividida em duas; a parte
euro-asiática é mostrada como a cordilheira do chacal dourado, e a parte
africana é mostrada como a cordilheira do lobo dourado africano. Mais
detalhes sobre as amostras, incluindo seu local e fonte de amostragem,
podem ser encontrados nos Dados S1 , e suas heterozigosidades estimadas - que são inversamente proporcionais ao tamanho de sua população - são mostradas na Figura S1 .
Figura 2 . Filogenia Nuclear e Mitocondrial de Canídeos Basais
(A) A estimativa de máxima verossimilhança da filogenia mitocondrial para um subconjunto de amostras, usando de novo conjuntos mitocondriais obtidos com MtArchitect. Os rótulos dos nós mostram o suporte de bootstrap para o nó.
(B)
A filogenia estimada a partir do DNA nuclear pelo ASTRAL-II, onde
aglomerados monofiléticos foram colapsados em um único nó foliar. A
ponta rotulada como “híbrido de lobo dourado africano” representa um
único híbrido conhecido da Península do Sinai – rotulado como “lobo
dourado africano do Egito” na filogenia do mtDNA – conforme descrito no
texto principal. As probabilidades posteriores locais médias são
mostradas para ramos onde este valor é menor que 1. A filogenia nuclear
completa contendo as relações amostrais, suportes de ramos, comprimentos
de ramos proporcionais aos tempos de divergência e tempos de divisão
estimados podem ser encontrados nas Figuras S2 A e S2B e Tabela S2 .
(C)
Para um subconjunto de ramos internos na filogenia nuclear, são
mostradas as frequências do quarteto das três configurações possíveis em
torno de cada ramo na árvore não enraizada subjacente. A barra vermelha
representa a configuração mostrada na filogenia, e as duas barras azuis
representam as duas configurações alternativas. Para cada quarteto, foi
demonstrado anteriormente que a frequência da verdadeira bipartição é
de pelo menos um terço [ 8
], indicada aqui por uma linha pontilhada. Cada configuração
alternativa é rotulada pela bipartição que ela cria, com rótulos
correspondentes aos de (A). Por exemplo, a segunda barra do painel
denominada 12 troca as posições do chacal dourado (6) e do lobo etíope
(5), enquanto a terceira barra os coloca como irmãos um do outro. Este
gráfico resume a incongruência da árvore genética em torno dos ramos
examinados.
Os genomas mitocondriais foram montados de novo a partir de todas as espécies estudadas, usando o MtArchitect [ 10
], que é responsável pela presença de numts no genoma de referência.
Uma filogenia de máxima verossimilhança baseada nesses genomas
mitocondriais ( Figura 2 A) é amplamente consistente com aquela obtida a partir da análise do genoma nuclear
, com uma exceção óbvia - os genomas mitocondriais do coiote ficam na
base de todos os outros canídeos da coroa. Isso é consistente com os
resultados de Koepfli e colegas [ 4 ] em genomas mitocondriais quase completos e, portanto, contradiz as descobertas de numerosos estudos anteriores que usaram sequências parciais de DNA mitocondrial e colocaram coiotes (1) como irmãos de lobos cinzentos [ 11 ], (2 ) em um clado não resolvido com lobos dourados africanos e lobos etíopes [ 2 , 3 ], (3) como irmã de lobos etíopes [ 1 , 2 , 12 , 13 ], ou, finalmente, (4) como irmã de um clado contendo lobos etíopes lobos e chacais dourados [ 14 ].
Posteriormente,
exploramos o grau de fluxo gênico interespecífico entre as várias
espécies. Muitas publicações relataram fluxo gênico interespécies entre
membros do grupo da coroa canina (complexo cão-lobo cinzento, coiotes,
lobos etíopes, chacais dourados e lobos dourados africanos) [ 4 , 5 , 9 , 13 , 15 , 16 , 17 , 18 , 19
] – algo que talvez não seja surpreendente, dada a grande sobreposição
geográfica de muitas das populações. Análises iniciais da estrutura genética entre esses canídeos usando NGSadmix [ 20 ] ( Figura S3
A) revelaram que os indivíduos se dividem de acordo com a estrutura
esperada das espécies. No entanto, mais detalhes tornaram-se aparentes à
medida que o número de clusters estimados (K) aumentou. Por exemplo, em
valores mais elevados de K, os lobos cinzentos formam cinco grupos
principais (México, Ellesmere-Groenlândia, Leste Asiático, Oriente Médio
e o restante da Eurásia), enquanto os lobos dourados africanos são
divididos em um clado Oriental e um Noroeste, como mostrado
anteriormente [ 4 , 6 , 16
].
Notamos que uma diferenciação populacional semelhante entre leste e
oeste é observada para várias outras espécies de mamíferos africanos [ 21],
thus pointing to a general trend that the African golden wolves follow.
The NGSadmix analyses also suggest the presence of admixture between
the different species. For example, we detected not only dog introgression
in the gray wolves from Spain and Israel, but also, perhaps of greater
interest, gene flow between African golden wolves, golden jackals, and
gray wolves. One example is a highly admixed African golden wolf from
the Egyptian Sinai Peninsula, whose genome contains contributions from
both Middle Eastern gray wolves and dogs (Figure S3A).
Estudos anteriores que relataram mistura entre espécies de canídeos [ 9
] e evidências mitocondriais de sobreposição do lobo cinzento, do lobo
dourado africano e do chacal dourado no leste do Egito [ 4 ]. Isto aponta para a importância da Península do Sinai e do Sudoeste do Levante na evolução dos canídeos [ 4 , 9 ], presumivelmente devido ao seu papel como ponte terrestre entre os continentes africano e euro-asiático. Usamos TreeMix [ 22 ], D estatísticas [ 23 ] e gráficos de mistura [ 23
] para examinar sinais de mistura entre essas espécies. Os resultados
confirmaram que, em termos gerais, o nível de fluxo gênico entre as três
espécies é alto, embora varie no espaço de maneira consistente com suas
áreas naturais ( Figuras 3 B e S3
A – S3E). Por exemplo, o fluxo gênico entre chacais dourados e lobos
cinzentos e entre lobos dourados africanos e lobos cinzentos é mais
baixo quando os lobos cinzentos norte-americanos são considerados, um
pouco mais alto para os lobos cinzentos asiáticos e europeus, e mais
alto com os lobos cinzentos do Oriente Médio (por exemplo, , Israel,
Síria e Arábia Saudita) ( Figura S3 E). Embora este último não seja surpreendente à luz da distribuição natural da espécie, a evidência da ancestralidade
do chacal dourado nos lobos norte-americanos é intrigante. Uma possível
explicação poderia ser que o fluxo gênico aconteceu antes da
divergência dos lobos cinzentos norte-americanos e euro-asiáticos.
O
fato de o fluxo gênico interespecífico ser consideravelmente maior no
Oriente Médio do que em outros lobos cinzentos também pode explicar a
distinção desta população. A estrutura entre os lobos dourados do
noroeste e do leste da África pode ser explicada usando um argumento
semelhante - os primeiros têm níveis mais elevados de mistura de chacal
dourado e lobo cinzento ( Figuras 3 B, S3
A e S3B), enquanto os últimos apresentam níveis mais elevados de
fluxo gênico. dos lobos etíopes. No geral, está claro que os indivíduos
amostrados nesta região da ponte terrestre serão particularmente
informativos para estudos futuros que desejem estudar a mistura de
canídeos com mais detalhes.
Figura 3 . Fluxo gênico entre as espécies de canídeos da coroa
(A)
Esta figura resume as relações entre as espécies (filogenia) e os
vários eventos de fluxo gênico inferidos a partir das amostras incluídas
neste estudo. Os eventos de fluxo gênico são indicados com setas
vermelhas, e as setas vermelhas pontilhadas mostram possíveis eventos de
fluxo gênico que foram inferidos neste estudo, mas não foram relatados
anteriormente.
(B – D) Estas figuras mostram o fluxo gênico entre as diferentes espécies de canídeos coroa usando D. estatísticas Essas estatísticas D
mostram um fluxo gênico significativo entre o lobo cinzento, o lobo
dourado africano, o chacal dourado e o lobo etíope. Uma nova descoberta
principal é a estrutura dos lobos dourados africanos, dividindo-se em
clados do Noroeste e do Leste, que mostram afinidade genética com os
lobos cinzentos e os lobos etíopes, respectivamente. Uma segunda
descoberta principal é o fluxo gênico inferido de uma linhagem canina
desconhecida, relacionada ao dhole, para o ancestral do coiote e dos
lobos cinzentos. Nossa hipótese é que isso possa explicar a inesperada
colocação basal do coiote na árvore mitocondrial. Evidências adicionais
de fluxo gênico nos canídeos da coroa são mostradas na Figura S3 .
Furthermore, D
statistics were used to test for gene flow between the dhole and
African hunting dog, using members of the crown group as ingroup and the
Andean fox as outgroup. Although no gene flow was detected between
species of the crown group and the African hunting dogs, the analyses
provided strong evidence of gene flow between the African hunting dog
and dhole (Figure S3C).
This is a surprising finding, since the ranges of the two species do
not overlap. However, it is well documented that the dhole existed as
far west as Europe during the Pleistocene [24].
Thus, one possible explanation could be the presence of dholes in the
Middle East in the past, from where they could have encountered and
mixed with African hunting dogs in North Africa.
It must, however, be stressed that given that there has never been any
reported evidence of dholes in either the Middle East or North Africa,
our hypothesis is purely speculative. The timing and location of this
admixture event remain unresolved.
Embora tenha havido vários relatos de hibridização entre cães e lobos etíopes [ 13 , 15 ], a história genética do lobo etíope não foi investigada anteriormente usando dados genômicos nucleares. As análises baseadas na estatística D
forneceram evidências do fluxo gênico entre lobos etíopes e não apenas
lobos dourados africanos, mas também chacais dourados, lobos cinzentos e
coiotes ( Figura S3 ). A descoberta de um fluxo genético considerável entre as linhagens
do lobo dourado da Etiópia e da África Oriental não é surpreendente,
dada a sua co-ocorrência geográfica em África. Também observamos
consistentemente uma divisão Noroeste-Leste nos lobos dourados africanos
e notamos que isto se correlaciona com a nossa descoberta de que o lobo
etíope contribui com uma quantidade maior para os lobos dourados da
África Oriental. Isto sugere que a mistura do lobo etíope pode ser um
factor chave que contribui para a estrutura populacional do lobo dourado
africano.
A presença de fluxo gênico entre o
lobo etíope e as outras espécies de canídeos coroa é mais surpreendente,
dada a falta de sobreposição de distribuição. No entanto, isso pode ser
explicado através da extensa evidência relatada anteriormente de
mistura entre lobos dourados africanos e lobos cinzentos, coiotes e
chacais dourados [ 4 , 9
]. Em suma, levantamos a hipótese de que o sinal da mistura do lobo
etíope com outras espécies de canídeos da coroa é mediado pelos lobos
dourados africanos. Um resumo de todos os eventos de mistura inferidos
neste estudo é mostrado na Figura 3 A.
A localização incerta do lobo dourado africano ( Figura 2
C, painel rotulado 17), combinada com evidências de fluxo gênico do
lobo etíope, levou-nos a investigar se o lobo dourado africano é uma
espécie de origem híbrida, derivada de uma mistura entre lobos cinzentos
e etíopes ou parentes próximos. As atuais áreas de distribuição dos
lobos etíopes e cinzentos não se sobrepõem e, de fato, a distribuição
histórica conhecida dos lobos etíopes está restrita às terras altas da
Etiópia [ 15
]. No entanto, o extenso fluxo gênico com outros canídeos, combinado
com os dois níveis distintos de fluxo gênico do lobo etíope nas duas
populações distintas de lobos dourados africanos, sugere que os lobos
etíopes ou um parente próximo (agora extinto) tiveram, no passado, um
distribuição muito maior na África e, portanto, maior oportunidade de
mistura com outras espécies de canídeos. Além disso, análises
mitocondriais de lobos dourados africanos, neste e em estudos
anteriores, revelam que eles estão mais intimamente relacionados aos
lobos cinzentos [ 2 , 3 , 4 , 25
]. Além disso, os lobos dourados africanos são um clado irmão dos lobos
cinzentos e coiotes na filogenia nuclear, enquanto são um grupo irmão
dos lobos cinzentos do Médio Oriente na filogenia mitocondrial.
Exploramos as relações entre o chacal dourado, o lobo etíope e o lobo
dourado africano usando G-PhoCS [ 26 ] ( Tabela S1
), que apoiou a descoberta do fluxo gênico do lobo dourado africano
para o lobo etíope. Para explorar ainda mais a relação entre essas
espécies e o lobo cinzento, usamos TreeMix [ 22 ] e gráficos de mistura [ 23 ] para obter árvores, que foram usadas para avaliar se o lobo dourado africano é uma espécie híbrida ( Figuras 4 B e 4C
) .
Inicialmente construímos um gráfico incluindo o coiote, o lobo
etíope, o lobo cinzento e a raposa andina e avaliamos a posição mais
provável para o lobo dourado africano neste gráfico. A colocação das
duas populações de lobo dourado africano nesta árvore foi investigada
posteriormente, modelando-as como irmãs de todos os nós possíveis e como
populações misturadas que derivam a ancestralidade de dois nós
possíveis. Finalmente, o modelo foi estendido para levar em conta a
mistura do lobo dourado africano com o lobo etíope. Descobrimos que o o ancestral comum
das populações de lobo dourado africano é melhor modelado como
misturado entre um componente relacionado ao lobo etíope (∼28%) e outro
relacionado ao lobo cinzento (∼72%) ( Z valor da estatística f de pior ajuste = −1,086; Figura 4
C). Finalmente, a população de lobos dourados do noroeste africano está
mais intimamente relacionada com o lobo cinzento, o que é melhor
explicado no nosso modelo através da mistura de lobos cinzentos.
Figura 4 . Modelando a ancestralidade dos lobos dourados africanos
(A)
Árvore TreeMix com todas as amostras, estimada usando a correlação
pareada de frequências alélicas entre todos os grupos de amostras. Esta
árvore possui três arestas de migração. As três primeiras margens de
migração indicam um extenso fluxo genético dos lobos cinzentos e etíopes
para os lobos dourados africanos, sugerindo uma origem híbrida para
esta espécie.
(B e C) O gráfico QP é um gráfico de mistura estimado usando todas as estatísticas D pareadas entre amostras. estimada A deriva genética
é mostrada ao longo das linhas sólidas em unidades de distância f2
(partes por mil), e as proporções estimadas da mistura são fornecidas ao
longo das linhas pontilhadas. Os nomes de populações modernas
específicas são mostrados por extenso, enquanto indivíduos ancestrais
hipotéticos são representados por letras.
(B)
Esta árvore mostra todas as colocações possíveis – destacadas em
vermelho – para o lobo dourado do noroeste da África, escolhidas devido
aos seus baixos níveis de fluxo gênico com o lobo etíope. Estes foram
modelados como possíveis nós internos e externos e como um grupo misto
de todos os pares de nós possíveis.
(C) O gráfico de melhor ajuste com um valor Z
mais próximo de 0, modelando a ancestralidade semelhante ao lobo etíope
e semelhante ao lobo cinzento dos lobos dourados do noroeste e da
África Oriental, bem como o fluxo genético para os lobos etíopes
modernos dos lobos dourados da África Oriental . Este gráfico de mistura
sugere que os lobos dourados africanos são provavelmente uma espécie de
origem híbrida, derivada do lobo cinzento e do lobo etíope como espécie
parental. Além disso, a Figura S4
mostra gráficos de mistura mostrando o fluxo gênico potencial de uma
linhagem canina basal “fantasma” para o ancestral de lobos e cães.
Por
último, nossa atenção foi atraída para o curioso resultado do fluxo
gênico potencial entre a linhagem que representa o ancestral do coiote e
dos lobos cinzentos e aquela que representa todas as outras espécies de
canídeos, excluindo o cão de caça africano ( Figura S4 ), em todas D
as análises estatísticas calculadas com o coiote ou lobo cinzento no
grupo interno, nomeadamente na posição H2. Notavelmente, estes sinais
desapareceram quando o clado irmão – H3 – foi substituído pelo cão de
caça africano, levando-nos a levantar a hipótese de que os genomas do
coiote e do lobo cinzento podem conter um componente ancestral basal
derivado de uma espécie ainda não identificada que evoluiu após o
divergência do ramo do cão de caça africano em relação às outras
espécies de canídeos e que o sinal do fluxo gênico pode ser atribuído à
atração externa da linhagem do coiote e do lobo cinzento. Observe que
tal evento hipotético de mistura antiga também explicaria a posição
inesperadamente basal do genoma mitocondrial do coiote - o coiote pode
simplesmente ter retido o mitogenoma deste ancestral não identificado.
Reconhecemos que a existência de um componente ancestral desconhecido
seria controversa – análises anteriores de coiotes e do registros fósseis de seus ancestrais diretos argumentam que eles foram estritamente restritos à América do Norte por mais de um milhão de anos [ 27 , 28
]. No entanto, na América do Norte, o coiote coexistiu ao lado de
vários canídeos agora extintos, incluindo o dhole americano ( Cuon sp.) e o lobo terrível ( Canis dirus ) [ 29
]. Embora o componente ancestral desconhecido não possa ser atribuído a
nenhuma das espécies fósseis conhecidas neste momento, futuras análises
paleogenómicas sobre tais materiais (se algum puder ser encontrado com
ADN sobrevivente) podem fornecer possibilidades interessantes para
testar a nossa hipótese.
In conclusion, our results
highlight how interspecific gene flow has played an important role in
shaping the species and population structure of gray wolves, coyotes,
African golden wolves, golden jackals, and Ethiopian wolves and that
African golden wolves, coyotes, and gray wolves may have been greatly
affected by hybridization events. In particular, we conclude not only
that African golden wolves arose through hybridization between a
Ethiopian-wolf-like and gray-wolf-like ancestral population, but that
subsequently the resulting northwestern and eastern African golden wolf
populations underwent continuous admixture with modern gray and
Ethiopian wolves, respectively. We furthermore argue that the common
ancestor of gray wolves and coyotes differentiated from the lineage
leading to golden jackals, in part by admixing with a dhole-like canid.
Finally, the robust signal of gene flow observed between African hunting
dogs and dholes testifies to an as-yet-undiscovered prehistoric overlap
between the two lineages. This underscores how much remains to be
discovered about the history of the wolf-like canids and how
paleogenomic approaches may be required to advance our understanding of
this group. Lastly, our study adds to the growing evidence for the
importance of gene flow and hybridization in the evolution of mammalian
species in general [23 , 30 , 31 , 32
] e que, em vez de serem entidades isoladas que evoluem ao longo de
filogenias semelhantes a árvores, estão interligadas e evoluem através
de interações em topologias semelhantes a redes.
Contato para compartilhamento de reagentes e recursos
Mais
informações e solicitações de recursos e reagentes devem ser
direcionadas e serão atendidas pelo contato principal, Shyam
Gopalakrishnan ( shyam@snm.ku.dk
).
Modelo Experimental e Detalhes do Assunto
O
presente estudo utiliza dados de sequenciamento de leitura curta dos
genomas completos de 47 canídeos abrangendo 8 espécies diferentes
(quando o cão doméstico é considerado uma espécie diferente do lobo
cinzento) da África, Eurásia e América do Norte, para abordar questões sobre as genéticas afinidades de essas espécies entre si e o papel do fluxo gênico interespecífico na formação da evolução do gênero Canis . Todas as informações conhecidas sobre o contexto e a cobertura do sequenciamento das amostras são fornecidas nos Dados S1 .
Detalhes do método
Sequenciamento do genoma completo
O
DNA foi extraído de 10 amostras modernas de sangue ou tecido fresco
usando o kit DNeasy Blood & Tissue (QIAGEN, Hilden, Alemanha)
seguindo o protocolo do fabricante. Três amostras ('Cão de caça africano
Quênia 1', 'Cão de caça africano Somália' e 'Chacal dourado Calcutá')
são de peles de museus históricos e foram digeridas em um tampão
contendo proteinase K após [ 54 ]; essas digestões foram posteriormente tratadas em uma etapa de fenol-clorofórmio após [ 55 ]. O sobrenadante foi então misturado 1:10 com um tampão de ligação seguindo [ 56 ] em um aparelho de ligação seguindo [ 57
], incluindo uma coluna Minelute (QIAGEN, Hilden, Alemanha) que foi
então lavada e o DNA foi eluído de acordo com as diretrizes do
fabricante. Todos os extratos de fita dupla foram incorporados em bibliotecas de DNA
construídas usando o NEBNext DNA Sample Prep Master Mix Set 2 (E6070 -
New England Biolabs, Beverly, MA, EUA) seguindo o protocolo do
fabricante e adaptadores compatíveis com Illumina [ 38
]. As bibliotecas foram sequenciadas usando 50 pares de bases simples
(chacal dourado Calcutá, cão de caça Quênia 1 e cão de caça Somália) ou
100 pares de bases emparelhadas (amostras restantes) lidas com química
no Illumina HiSeq 2000 e 2500 (Illumina, San Diego, CA, EUA)
plataformas.
Ler mapeamento
Os
dados de leitura curta de cada amostra, incluindo amostras de
publicações anteriores, foram processados usando o pipeline PALEOMIX [
39
]. Como primeira etapa do pipeline, bases ausentes e de baixa qualidade
foram eliminadas das leituras, seguidas pela remoção dos adaptadores
usando AdapterRemoval2 [ 40
]. Além disso, todas as leituras finais emparelhadas em que as duas
leituras se sobrepuseram por mais de 10 pares de bases foram mescladas
em uma única leitura. Posteriormente, as leituras de cada amostra foram
mapeadas para o genoma de referência do lobo [ 7 ] usando bwa (v0.7.10; algoritmo aln) [ 41 ]. As leituras mapeadas foram filtradas para PCR e duplicatas ópticas usando Picard (v1.128, https://broadinstitute.github.io/picard
) e leituras mapeadas para vários locais no genoma foram excluídas. GATK (v3.3.0) [ 42 , 43 ] foi usado para realizar uma etapa de realinhamento de indel
para ajustar o aumento das taxas de erro no final de leituras curtas na
presença de indels. Na ausência de um conjunto de dados com curadoria
de indels em lobos, esta etapa contou com um conjunto de indels
identificados na amostra específica que estava sendo processada. Após o
mapeamento inicial e controle de qualidade , as coberturas das amostras variaram de 0,6 a 26,6x (para detalhes ver Dados S1 ).
Chamada de genótipo
As
amostras neste estudo abrangem uma ampla gama de coberturas genômicas.
Para evitar a introdução de vieses em várias análises resultantes da
chamada de genótipos em amostras de baixa cobertura [ 58
], a incerteza nos genótipos foi, em vez disso, propagada para análises
a jusante usando probabilidades de genótipos. As probabilidades de
genótipo em locais variantes foram calculadas em ANGSD [ 44 ] usando as leituras mapeadas, com o modelo para leituras usado por samtools (v1.2) [ 41
]. Bases com qualidades de base inferiores a 20 e leituras com
qualidade de mapeamento inferior a 20 foram descartadas. Apenas locais
com dados presentes em pelo menos 46 das 48 amostras foram retidos.
Todos os locais com frequências alélicas menores abaixo de 0,1 foram excluídos.
Quantificação e Análise Estatística
Heterozigosidade
A
heterozigosidade para cada amostra foi calculada usando ANGSD,
estimando o espectro de frequência de sítio dobrado (SFS) por amostra e
usando a fração de singletons na amostra como medida de
heterozigosidade. A variância da estimativa foi obtida inicializando os
sites 100 vezes para obter 100 estimativas inicializadas do SFS.
Resumidamente, para cada amostra, a frequência alélica do local para
cada local foi estimada (“-doSaf 1 -fold 1”) usando o genoma de
referência como ancestral, mantendo todos os outros parâmetros como
acima. Posteriormente, o SFS e seus bootstraps correspondentes foram
estimados para cada amostra usando realSFS e, para cada caso, foi
calculada a fração de singletons. As heterozigosidades da amostra são
mostradas na Figura S1 .
Admixture
Using the genotype likelihoods obtained from the ANGSD pipeline, the ancestry clusters and admixture proportions for 48 samples representing all species (for details see Data S1) were estimated using NGSadmix [20] based on 5.7 million SNPs.
Admixture analyses were performed using only markers with minor allele
frequency greater than 0.1. We used a range of values for the number of
clusters (2-15), to explore the structure in the dataset. To avoid
convergence to local optima, the admixture analysis was repeated at
least 200 times with different random initial parameter values, and the
replicate with the highest likelihood was chosen.
Nuclear genome phylogeny
Usando 28 indivíduos representando todas as espécies neste estudo (para detalhes, consulte Dados S1 do genoma nuclear ), a reconstrução filogenética baseada na coalescência de árvores genéticas foi realizada usando 100 árvores ASTRAL-II [ 45 ], e uma árvore de consenso de regra de maioria estendida foi feita com RAxML [ 46
] usando parâmetros padrão. Cada árvore foi baseada em árvores
genéticas inferidas de 5.000 regiões, cada uma com aproximadamente 10 kb
de comprimento amostrada a partir de uma sequência de consenso do
genoma por indivíduos gerados em ANGSD [ 44 ] usando a opção “-doFasta 1”. Regiões com dados faltantes foram excluídas usando trimal [ 47 ] sob os parâmetros “-gappyout -resoverlap 0.60 -seqoverlap 60”. Cada árvore genética foi gerada em FastTree2 [ 48
] usando um modelo generalizado reversível no tempo para evolução de
sequência. Um corte de no mínimo quatro amostras por árvore foi
selecionado, antes da geração de árvores ASTRAL-II individuais.
Probabilidades posteriores locais e frequências de quarteto para as três
possíveis resoluções não enraizadas em torno de cada ramo interno foram
calculadas usando ASTRAL [ 59 ] e visualizado usando DiscoVista [ 49
]. Dois valores de suporte são calculados na árvore de consenso ASTRAL:
i) frequência de cada ramo nas 100 réplicas e ii) médias da
probabilidade posterior local nas 100 réplicas. A probabilidade
posterior local é calculada como a probabilidade de que a proporção de
árvores genéticas consistentes com a bipartição mostrada na filogenia
completa seja superior a 0,33, sob um modelo multinomial com três
resultados possíveis, cada um representando uma bipartição no ramo
interior.
Como os comprimentos dos ramos na análise
ASTRAL-II são em termos de unidades de tempo coalescentes, outra
filogenia foi gerada para obter comprimentos de ramos proporcionais às
distâncias evolutivas, a partir de 1.000 regiões de 1 kb amostradas
aleatoriamente em todo o genoma usando uma análise concatenada em RaxML [
46 ] , usando um modelo GTR-GAMMA de evolução de sequência.
Tempos divididos de espécies
Os tempos de divergência entre as diferentes espécies foram calculados usando o método dois mais dois (TT) [ 60
], que usa um par de amostras e a distribuição de alelos derivados em
todos os locais, para calcular o tempo dividido para uma população focal
de um população de contraste. Especificamente, o método utiliza a
contagem de locais no genoma onde as amostras se enquadram em uma das 9
configurações, ou seja, ambas as amostras carregam 0 alelos derivados,
uma amostra carrega 1 alelo derivado e a outra carrega 0, e assim por
diante, para obter um estimativa do tempo de qualquer amostra a partir
do ancestral comum
mais recente do par de amostras. O método fornece duas estimativas de
tempos parciais para cada par de amostras, com uma amostra tratada como
população focal e a outra como população de contraste. Uma das
principais vantagens deste método é que ele não é afetado pela dinâmica
do tamanho populacional das duas populações após a divisão, mas não assume nenhuma migração e tamanho populacional constante no ancestral das duas populações (antes da divisão).
A
fim de reduzir o número de comparações neste modelo, escolhemos um
representante de cada população para esta análise, a saber, dhole –
Zoológico de Pequim, cão de caça africano – Quênia 1, chacal dourado –
Síria, lobo dourado africano Noroeste – Marrocos, Lobo dourado africano
Oriental – Quênia, lobo etíope – Etiópia, coiote – Califórnia, lobo
cinzento europeu – Espanha, lobo cinzento asiático – Altai, lobo
cinzento americano – Groenlândia e México
1, cão – Índia 1 e Catar 2. A estatística TT foi calculada para cada
par de amostras, usando apenas andaimes maiores que 1 Mb (705 no total),
excluindo locais com cobertura inferior a 5x em qualquer amostra. A
estimativa bootstrap da estatística e sua variância foram obtidas
tratando cada andaime como um único bloco [ 61 ].
Mitochondrial reconstruction using de novo assembly
Usamos o MtArchitect [ 10 ] para reconstruir de novo os genomas mitocondriais de 17 canídeos representando todas as espécies (para detalhes, ver Dados S1 ). Os genomas foram alinhados usando MAFFT [ 50 ] e curadoria com Jalview [ 51
]. O MtArchitect foi projetado para lidar com a presença de numts,
alinhando as leituras ao genoma mitocondrial e nuclear separadamente, e
incluindo apenas pares de leitura (ou leituras de extremidade única),
onde ambas as leituras do par mapeiam inequivocamente e com alta
qualidade de mapeamento para o mitocôndrias. Testamos um total de 56 modelos filogenéticos com jmodeltest2 [ 52
] e escolhemos HKY85 com variação distribuída gama na taxa de
substituição e uma proporção fixa de locais invariáveis como o modelo
mais adequado, que finalmente foi usado para construir árvore de máxima
verossimilhança usando phyML [ 53
]. Geralmente observamos uma pequena quantidade de locais
indeterminados, mas os dois cães de caça africanos analisados
apresentavam alinhamentos mais pobres e genomas menores. Isto é
provavelmente devido aos vieses de reconstrução associados ao uso de uma
referência distante e à falta de dados emparelhados para explorar o
potencial máximo do MtArchitect.
A visualização do alinhamento e a
inspeção das árvores das reconstruções confirmaram que o agrupamento
filogenético estava em conformidade com os dados relatados anteriormente
[ 4
]. Observamos, no entanto, que o loop D foi particularmente enriquecido
em locais indeterminados e alinhado notavelmente pior que a sequência
restante. Dada a sua natureza potencialmente confusa e sua pequena
contribuição para a reconstrução da filogenia quando o resto da
sequência está bem resolvido [ 10
], o D-loop, bem como as posições menores contendo a maioria das
lacunas, foram descartadas manualmente, resultando em um alinhamento
final de 15,435 pb.
Estatísticas D
Usamos estatísticas D baseadas em frequência alélica, conforme implementadas em ADMIXTOOLS [ 23 ] para avaliar o possível fluxo gênico entre as diferentes linhagens . As estatísticas D
são baseadas na observação de que, se a topologia dada (((H1,H2), H3),
Outgroup) estiver correta, então sob a hipótese nula de nenhum fluxo
gênico entre qualquer uma das duas linhagens no ingroup (H1, H2) e a
linhagem H3, o número de locais no genoma onde ocorrem os padrões de
segregação ABBA e BABA deve ser igual em número, pois eles podem surgir
apenas devido à classificação incompleta da linhagem. Mas a presença de
fluxo gênico entre H1 e H3 levaria a um aumento no número de sítios BABA
(H1 e H3 compartilham o mesmo alelo B), enquanto o fluxo gênico entre
H2 e H3 levaria a um aumento no número de sítios ABBA (H2 e H3
compartilham o mesmo alelo B). A estatística D mede a disparidade entre o número de locais ABBA e BABA em todo o genoma para inferir o fluxo gênico.
Para
explicar a profundidade variável de cobertura das amostras, usamos um
alelo amostrado aleatoriamente por local, em vez de genótipos chamados.
Leituras com qualidade de mapeamento inferior a 30, bases com qualidade
inferior a 20 e locais com cobertura inferior a 3 foram descartados da
análise. A significância de cada teste foi estimada usando um
procedimento de bloco ponderado em blocos de 1 Mb. Desvios de D
= 0 foram presumidos significativos quando o escore Z observado estava
acima ou abaixo de 3,3 (|Z|>3,3). Para evitar aumentar a
significância dos testes, apenas andaimes de 1 Mb ou mais (~70% do
genoma) foram utilizados na análise. Os testes foram realizados com
combinações de amostras como indivíduos e as amostras foram agrupadas em
categorias representando os principais agrupamentos genéticos (para
detalhes ver Dados S1 ).
ÁrvoreMix
TreeMix [ 22
] foi usado para inferir possíveis bordas de mistura na filogenia.
TreeMix modela a correlação de frequências alélicas em posições
variáveis no genoma. As correlações que não se ajustam bem à árvore
modelada são então corrigidas para usar eventos de migração. Usamos um
alelo amostrado aleatoriamente para cada amostra e uma abordagem de
filtragem semelhante à descrita para os D. testes
estatísticos Os testes foram com combinações de amostras como
indivíduos e amostras agrupadas em categorias representando os
principais agrupamentos genéticos (para detalhes ver Dados S1
). Foram mantidos locais com pelo menos um indivíduo com cobertura por
grupo. O conjunto de dados final consistiu em um total de 834.537 locais
de segregação. Executamos o TreeMix no conjunto de dados final
assumindo de 0 a 4 arestas de migração (m = 0-4). Para cada valor de m,
executamos 100 réplicas começando em diferentes valores de sementes e
avaliamos a réplica com maior probabilidade. A Figura S3 B mostra a melhor réplica obtida para o gráfico modelado com quatro arestas de migração.
qpGraph
Usamos qpGraph do pacote ADMIXTOOLS [ 23
] para avaliar as relações entre as diferentes espécies em nossas
amostras. Em particular, abordámos a questão de saber se o lobo dourado
africano pode ser modelado como uma espécie híbrida. qpGraph usa a
correlação em todos os testes estatísticos f possíveis em um determinado
gráfico de mistura para avaliar seu ajuste geral. O mesmo conjunto de
dados e parâmetros de filtragem utilizados para os testes estatísticos D
foram utilizados nesta análise. As amostras foram agrupadas em clusters
representando as principais linhagens no gráfico de mistura conforme
indicado nos Dados S1
. Primeiro, começamos com uma árvore que incluía o coiote, o lobo
etíope, o lobo cinzento e a raposa andina e avaliamos o ponto de
ramificação mais provável para o lobo dourado africano. Em seguida,
modelamos o lobo dourado africano como um clado irmão para todos os
possíveis nós internos e externos e como um grupo misto de todos os
possíveis pares de nós. Finalmente, estendemos nosso modelo com um
evento de mistura para explicar a mistura do lobo dourado africano com o
lobo etíope ( Figura 4 ).
Disponibilidade de dados e software
O
número de acesso do BioProject para as sequências de leitura curta
usadas neste artigo está disponível no arquivo de leitura curta do NCBI
sob o acesso PRJNA494815.
Agradecimentos
Os
autores gostariam de agradecer a assistência do Centro Nacional
Dinamarquês de Sequenciamento de Alto Rendimento pela assistência na
geração de dados da Illumina. Também agradecemos ao Supercomputador
Nacional Dinamarquês para Ciências da Vida, Computerome ( https://www.computerome.dk
),
for the computational resources to perform the sequence analyses. For
making sample material available, we would like to thank Jörns Fickel
from Leibniz-Institut für Zoo- und Wildtierforschung and Kristian
Gregersen from the Natural History Museum of Denmark. We also
acknowledge the following for funding our research: the Qimmeq project
funded by The Velux Foundations and Aage og Johanne Louis-Hansens Fond; Carlsbergfondet grant CF14–0995 and Marie Skłodowska-Curie Actions grant 655732-WhereWolf to S.G.; grant 676154-ArchSci2020 to J.N.; NSFC grant 91531303 to G.-D.W.; Danish National Research Foundation grant DNRF94, Lundbeckfonden grant R52–5062, and ERC Consolidator grant 681396-Extinction Genomics to M.T.P.G.; and the Universities of Oslo and Copenhagen for a PhD stipend awarded to M.-H.S.S. T.M.-B. is supported by MINECO/FEDER, UE, grant BFU2017-86471-P, NIMH grant U01 MH106874, a Howard Hughes Medical Institute International Early Career grant, Obra Social “La Caixa,” and Secretaria d’Universitats i Recerca and CERCA Programa do Departamento de Economia e Conhecimento do Governo da Catalunha.
Contribuições do autor
SG,
M.-HSS, AJH e MTPG conceberam o estudo. M.-HSS e CC fizeram o trabalho
de laboratório de DNA para sequenciamento de alto rendimento. SG, JR-M.,
JN, JASC, FGV, MdMM, LK, AS, VMG-B., Y.-HL e SM realizaram análises.
CF, PG, K.-PK, JB, EKR, CS e MPH-J. contribuiu com a coleta de amostras.
BP e TS-P. forneceu experiência e suporte em computação. LB, Ø.W.,
TM-B., AJH e MTPG supervisionaram o trabalho. SG, M.-HSS, JR-M. e MTPG
escreveram o manuscrito. Todos os autores contribuíram para a preparação
e edição do manuscrito final.
Declaração de Interesses
Os autores declaram não haver interesses conflitantes.
Dados S1. Tabela de informações de amostra, relacionada aos métodos STAR .
Tabela mostrando o número de catálogo, informações sobre espécies,
cobertura média de sequenciamento genômico, agrupamentos genéticos
identificados, local e data de coleta de amostras e a publicação
associada aos dados disponíveis publicamente.
S. Gopalakrishnan , JA Samaniego Castruita , MS Sinding , LFK Kuderna , J. Räikkönen , B. Petersen , T. Sicheritz-Ponten , G. Larson , L. Orlando , T. Marques-Bonet , e outros.
A sequência do genoma de referência do lobo (Canis lupus lupus) e suas implicações para Canis spp. genômica populacional
I. Lobon , S. Tucci , M. de Manuel , S. Ghirotto , A. Benazzo , J. Prado-Martinez , B. Lorente-Galdos , K. Nam , M. Dabad , J. Hernandez-Rodriguez , e outros.
História demográfica do gênero Pan inferida a partir de reconstruções completas do genoma mitocondrial
MP Ripoll , JV Morales Pérez , A. Sanchis Serra , JE Aura Tortosa , IS Montañana
Presença
do género Cuon em sítios do Pleistocénico Superior e Holocénico inicial
da Península Ibérica: novos vestígios identificados em contextos
arqueológicos da região mediterrânica
J. Arqueol. Ciência. , 37 ( 2010 ) , pp. 437 - 450
G. Werhahn , H. Senn , J. Kaden , J. Joshi , S. Bhattarai , N. Kusi , J. Sillero-Zubiri , DW Macdonald
Evidência
filogenética para o antigo lobo do Himalaia: rumo a um esclarecimento
de seu status taxonômico com base em amostras genéticas do oeste do
Nepal
H. Jónsson, M. Schubert, A. Seguin-Orlando, A. Ginolhac, L. Petersen, M. Fumagalli, A. Albrechtsen, B. Petersen, T.S. Korneliussen, J.T. Vilstrup, et al.
Speciation with gene flow in equids despite extensive chromosomal plasticity
Proc. Natl. Acad. Sci. USA, 111 (2014), pp. 18655-18660
H. Li , B. Handsaker , A. Wysoker , T. Fennell , J. Ruan , N. Homer , G. Marth , G. Abecasis , R. Durbin , Subgrupo de Processamento de Dados do Projeto Genoma 1000
Sayyari,
E., Whitfield, JB e Mirarab, S. (2017). DiscoVista: visualizações
interpretáveis de discordância de árvores genéticas. arXiv, arXiv:
1709.09305, https://arxiv.org/abs/1709.09305
ME Allentoft , M. Sikora , K.-G. Sjögren , S. Rasmussen , M. Rasmussen , J. Stenderup , PB Damgaard , H. Schroeder , T. Ahlström , L. Vinner , e outros.
Genômica populacional da Eurásia da Idade do Bronze
/https://tf-cmsv2-smithsonianmag-media.s3.amazonaws.com/accounts/headshot/gamillo007710829-005_0.png)
