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Uma estrutura baseada em probabilidade para inferência demográfica a partir de árvores genealógicas 

 Artigo Publicado: 20 de março de 2025

• Jordan L. Cahoon ,
• Bryan L. Dinh ,
• Diego Ortega-Del Vecchio ,
• Christian D. Huber ,
• Michael D. Edge ,
• Nicolau Mancuso &
• Charleston WK Chiang  

Nature Genetics volume 57 , páginas 865–874 ( 2025 ) Cite este artigo

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Resumo

A história demográfica de uma população fundamenta padrões de variação genética e é codificada nas árvores genealógicas dos haplótipos amostrados. Aqui, propomos uma estrutura de inferência demográfica chamada verossimilhança genealógica (gLike). Nosso método utiliza uma estrutura baseada em grafos para resumir as relações entre todas as linhagens em uma árvore genealógica com todas as trajetórias possíveis de membros da população ao longo do tempo e deriva a verossimilhança completa entre as árvores sob um modelo demográfico parametrizado. Demonstramos, por meio de simulações e aplicações empíricas, que, para populações que experimentaram múltiplas miscigenações, o gLike pode estimar com precisão dezenas de parâmetros demográficos, incluindo tamanhos de populações ancestrais, tempo de miscigenação e proporções de miscigenação, e supera os métodos convencionais de inferência demográfica que usam o espectro de frequência do sítio. Em conjunto, nossa estrutura gLike proposta aproveita informações genealógicas subutilizadas para oferecer alta sensibilidade e precisão na inferência de demografias complexas para humanos e outras espécies.