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segunda-feira, 21 de agosto de 2017

sexta-feira, 1 de maio de 2015

ESCRITA CIENTÍFICA

http://www.escritacientifica.com/pt-BR/?option=com_content&view=article&id=6&Itemid=113

quarta-feira, 5 de março de 2014

Revision to rules for color in dinosaurs suggests connection between color and physiology

Date:
February 12, 2014
Source:
University of Texas at Austin
Summary:
New research revising rules on deciphering color in dinosaurs may provide a tool for understanding the evolutionary emergence of flight and changes in dinosaur physiology. While surveying melanosome shape in fossil and extant specimens, a research team unexpectedly discovered that ancient maniraptoran dinosaurs, paravians, and living mammals and birds uniquely shared the evolutionary development of diverse melanosome shapes related to color. The similarity could relate to a key shift in dinosaurian physiology.
 
 

The "rules" allowing color reconstruction from the shape of melanin-containing organelles originate with feathered dinosaurs, and are associated ...
Credit: Li et al. (authors).
New research that revises the rules allowing scientists to decipher color in dinosaurs may also provide a tool for understanding the evolutionary emergence of flight and changes in dinosaur physiology prior to its origin.



In a survey comparing the hair, skin, fuzz and feathers of living terrestrial vertebrates and fossil specimens, a research team from The University of Texas at Austin, the University of Akron, the China University of Geosciences and four other Chinese institutions found evidence for evolutionary shifts in the rules that govern the relationship between color and the shape of pigment-containing organelles known as melanosomes, as reported in the Feb. 13 edition of Nature.
At the same time, the team unexpectedly discovered that ancient maniraptoran dinosaurs, paravians, and living mammals and birds uniquely shared the evolutionary development of diverse melanosome shapes and sizes. (Diversity in the shape and size of melanosomes allows scientists to decipher color.) The evolution of diverse melanosomes in these organisms raises the possibility that melanosome shape and size could yield insights into dinosaur physiology.
Melanosomes have been at the center of recent research that has led scientists to suggest the colors of ancient fossil specimens covered in fuzz or feathers.
Melanosomes contain melanin, the most common light-absorbing pigment found in animals. Examining the shape of melanosomes from fossil specimens, scientists have recently suggested the color of several ancient species, including the fuzzy first-discovered feathered dinosaur Sinosauropteryx, and feathered species like Microraptor and Anchiornis.
According to the new research, color-decoding works well for some species, but the color of others may be trickier than thought to reconstruct.
Comparing melanosomes of 181 extant specimens, 13 fossil specimens and all previously published data on melanosome diversity, the researchers found that living turtles, lizards and crocodiles, which are ectothermic (commonly known as cold-blooded), show much less diversity in the shape of melanosomes than birds and mammals, which are endothermic (warm-blooded, with higher metabolic rates).
The limited diversity in melanosome shape among living ectotherms shows little correlation to color. The same holds true for fossil archosaur specimens with fuzzy coverings scientists have described as "protofeathers" or "pycnofibers." In these specimens, melanosome shape is restricted to spherical forms like those in modern reptiles, throwing doubt on the ability to decipher the color of these specimens from fossil melanosomes.
In contrast, in the dinosaur lineage leading to birds, the researchers found an explosion in the diversity of melanosome shape and size that appears to correlate to an explosion of color within these groups. The shift in diversity took place abruptly, near the origin of pinnate feathers in maniraptoran dinosaurs.
"This points to a profound change at a pretty discrete point," says author Julia Clarke of The University of Texas at Austin's Jackson School of Geosciences. "We're seeing an explosion of melanosome diversity right before the origin of flight associated with the origin of feathers."
What surprised the researchers was a similarity in the pattern of melanosome diversity among ancient maniraptoran dinosaurs, paravians, and living mammals and birds.
"Only in living, warm-blooded vertebrates that independently evolved higher metabolic rates do we see the melanosome diversity we also see in feathered dinosaurs," said co-author Matthew Shawkey of The University of Akron.
Many of the genes involved in the melanin color system are also involved in other core processes such as food intake, the stress axis, and reproductive behaviors. Because of this, note the researchers, it is possible that the evolution of diverse melanosome shapes is linked to larger changes in energetics and physiology.
Melanosome shape could end up offering a new tool for studying endothermy in fossil specimens, a notoriously challenging subject for paleontologists.
Because the explosion of diversity in melanosomes appears to have taken place right at the origin of pinnate feathers, the change may indicate that a key shift in dinosaurian physiology occurred prior to the origin of flight.
"We are far from understanding the exact nature of the shift that may have occurred," says Clarke. "But if changes in genes involved in both coloration and other aspects of physiology explain the pattern we see, these precede flight and arise close to the origin of feathers."
It is possible, notes Clarke, that a diversity in melanosome shape (and correlated color changes) resulted from an increased evolutionary role for signaling and sexual selection that had a carryover effect on physiology, or that a change in physiology closely preceded changes in color patterning. At this point, she stresses, both ideas are speculative.
"What is interesting is that trying to get at color in extinct animals may have just started to give us some insights into changes in the physiology of dinosaurs."

Story Source:
The above story is based on materials provided by University of Texas at Austin. Note: Materials may be edited for content and length.

Journal Reference:
  1. Quanguo Li, Julia A. Clarke, Ke-Qin Gao, Chang-Fu Zhou, Qingjin Meng, Daliang Li, Liliana D’Alba, Matthew D. Shawkey. Melanosome evolution indicates a key physiological shift within feathered dinosaurs. Nature, 2014; DOI: 10.1038/nature12973
 

terça-feira, 5 de novembro de 2013

Impacto nacional de publicações científicas

Terça, 05/11/2013

Impacto nacional
20/09/2011

Por Fábio de Castro

Agência FAPESP – Em comparação com todos os países da América Latina e do BRIC (Brasil, Rússia, Índia e China), os cientistas brasileiros são os que conseguem taxas de impacto mais altas com publicações em revistas nacionais.

A análise foi feita por Félix Moya, pesquisador do Departamento de Dinâmica da Ciência e da Inovação do Instituto de Políticas e Bens Públicos de Granada (Espanha), durante o 2º Seminário de Avaliação do Desempenho dos Periódicos Brasileiros no JCR, realizado na última sexta-feira (16/9) na sede da FAPESP, em São Paulo.



Em comparação a países emergentes, cientistas brasileiros são os que conseguem taxas de impacto mais altas em publicações nacionais. Análise foi feita no Seminário de Avaliação do Desempenho dos Periódicos Brasileiros no JCR, realizado na FAPESP

O evento foi promovido pelo programa Scientific Electronic Library Online (SciELO), criado em 1997 por meio de uma parceria entre a FAPESP e o Centro Latino-Americano e do Caribe de Informação em Ciências da Saúde (Bireme).

O objetivo do seminário foi discutir a crescente visibilidade conquistada pela ciência brasileira noJournal Citation Reports (JCR), o mais importante índice internacional de citações. A quantidade de periódicos nacionais indexados no JCR cresceu 43% de 2009 para 2010.

Segundo Moya, além do aumento da presença de publicações científicas editadas no Brasil no cenário internacional, houve uma clara melhora do impacto dessas publicações. Prova disso é que, em relação aos países do BRIC e da América Latina, o cientista do Brasil é o que consegue as mais altas taxas de impacto publicando em revistas nacionais.

“O SciELO tem muito a ver com isso, com toda certeza. Não há nenhum país do mundo que tenha um projeto nacional de acesso aberto a suas publicações como esse. Não é tudo o que tem que ser feito no campo da difusão de ciência no Brasil, mas é um passo muito importante e que não foi feito em outros países”, disse à Agência FAPESP.

O fator de impacto em si, no entanto, não deve ser um fim em si mesmo, de acordo com Moya. “A busca de um melhor impacto é importante à medida que ele pode ser considerado um sintoma da melhora da qualidade da pesquisa. Há uma clara correlação entre o impacto e a excelência da pesquisa. A importância disso, portanto, não se limita ao campo científico: o alto impacto da pesquisa tem grande relevância social”, disse.

As análises, no entanto, precisam ser feitas com cuidado, segundo Moya. De acordo com ele, o que não é verdade para um pesquisador pode ser verdade para um país.

“Se alguém diz que cada trabalho que é publicado em uma revista de alto impacto será um trabalho de excelência, está dizendo algo falso. Mas se alguém diz que se os pesquisadores brasileiros tendem a publicar em revistas de mais impacto haverá uma maior quantidade de trabalhos de excelência, isso é verdade”, afirmou.

Segundo ele, é preferível que os pesquisadores se submetam a processos mais rigorosos e competitivos para publicação dos trabalhos, porque isso é o que garante a qualidade desses trabalhos no conjunto da comunidade científica. Mas, ainda que não sejam as preferidas, as revistas de baixo impacto também têm sua função.

“Só deixarão de publicar nas revistas de menores impactos aqueles que podem publicar nas de alto impacto. Para os outros, é preciso ter outras revistas. Os que são publicados nas revistas de baixo impacto não são necessariamente piores. O mesmo pesquisador pode publicar alternativamente em ambos os tipos de revistas. Esse assunto é muito mal analisado e as conclusões são muito mal tiradas quando se olha para casos individuais. É um assunto que deve ser analisado como um sistema”, afirmou.

O sistema complexo de comunicação da ciência, de acordo com o pesquisador espanhol, tem a capacidade para implantar o conhecimento em distintos níveis de revistas. “Nem os pesquisadores nem as revistas ficam imóveis. O que faz falta é que sejam observadas as tendências que devem seguir pesquisadores e revistas”, disse.

Se para o pesquisador é recomendável buscar as revistas de alto impacto, para as revistas é fundamental desenvolver uma política editorial que incremente a colaboração internacional. Para Moya, os editores devem desenvolver atividades de marketing científico.

“Seria interessante, por exemplo, se os editores das revistas brasileiras enviassem a cada um dos cientistas citados em suas revistas um comunicado sobre a citação. Isso geraria um processo de diálogo, fazendo com que os autores dos trabalhos citados conheçam mais a revista, já que são potenciais colaboradores. Esse tipo de prática de marketing científico melhora a visibilidade internacional dos trabalhos”, apontou.

Segundo Moya, quando a revista tem mais colaborações internacionais, os autores aumentam o espectro da procedência de suas citações. “Creio que por isso foi estabelecida a diferença entre a atividade de editor, que se ocupa do nível científico da revista, e a atividade de publisher, que é um editor profissional, que trata de conseguir, no âmbito da pura comunicação, a maior visibilidade possível para a publicação. Nem todas revistas têm um publisher, mas é um papel central no processo”, disse.

Internacionalização da ciência

Durante o evento, Carlos Henrique de Brito Cruz, diretor científico da FAPESP, destacou o interesse da Fundação em acompanhar o desempenho das revistas brasileiras que angariaram mais interesse internacional e aumentaram sua visibilidade.

“Temos interesse em acompanhar o desempenho e desenvolvimento dessas coleções de revistas para saber que ações poderemos realizar no período subsequente a fim de intensificar esses progressos. Por outro lado, esperamos que o debate ajude a diagnosticar os gargalos e problemas a fim de buscarmos soluções para eles”, disse.

Brito Cruz destacou também a importância da internacionalização da ciência brasileira proporcionada pela consolidação das publicações científicas. De acordo com ele, o progresso da ciência ocorre de forma mais intensa quando há diálogo entre os cientistas de várias partes do mundo.

“Quando medimos o impacto das publicações, queremos avaliar a comunicação. Publicar um artigo científico é um ato de comunicação. É uma forma de comunicar aos outros as descobertas e submetê-las à crítica. Gostaria que a ciência feita no Brasil conversasse mais com o mundo. Quanto mais as pessoas inteligentes daqui dialogarem com gente inteligente no mundo, mais a ciência brasileira irá progredir”, analisou.

De acordo com Abel Packer, coordenador operacional do SciELO, entre 2007 e 2010 houve um crescimento de 17% dos periódicos publicados pelo programa. A média de crescimento, nesse período, foi de 5% ao ano. Por outro lado, a presença brasileira aumentou quatro vezes entre 2007 e 2008 em uma das principais bases de dados internacionais – a Web of Science-ISI (WoS), na qual se fundamenta o JCR.

“O ingresso de mais periódicos brasileiros na WoS e outras bases de dados importantes contribuíram para que o Brasil subisse para a 13ª posição no ranking mundial de produção científica. Nessa produção, contando artigos e revisões, o peso dos periódicos brasileiros é de 33% do total”, disse Packer.

Com 33% o Brasil tem uma porcentagem grande de artigos com fator de impacto publicados em periódicos nacionais em relação a outros países como África do Sul (21%), Índia (17%), China (16%), México (10%) e Espanha (10%).

“No fator de impacto o Brasil não está mal em termos de comparação entre periódicos nacionais. Cerca de 10% dos periódicos têm fator de impacto acima da média em suas respectivas áreas. Nosso desafio é subir para 15% ou 20% dos periódicos com fator de impacto acima da mediana”, disse Packer.

Rogério Meneghini, coordenador científico do programa SciELO, destacou que a ciência é um processo cíclico. Segundo ele, a produção científica propriamente dita não é o último passo do processo, do qual fazem parte também a comunicação científica e a discussão informal com os pares. “Publicar é um feito complexo, muito importante, do processo de fazer ciência”, afirmou.

De acordo com Meneghini, ao contrário dos países desenvolvidos, onde o número de periódicos está relacionado diretamente aos interesses comerciais, nos países emergentes o número de publicações tem conexão com a necessidade de dar vazão à produção científica.

“No momento da publicação há duas rotas possíveis, a nacional e a internacional. O que estamos discutindo nos últimos anos – e que seguiremos discutindo – é o quanto a publicação brasileira começa a ganhar overlap em relação à produção internacional. Ou seja, em que medida aquilo que publicamos aqui passa a fazer parte do contexto internacional de publicações científicas”, disse.

Erros em artigos científicos brasileiros são mais conceituais do que de expressão

Terça, 05/11/2013

Erros em artigos científicos brasileiros são mais conceituais do que de expressão

Por Elton Alisson
Agência FAPESP – A redação científica ainda representa o “calcanhar de Aquiles” de muitos pesquisadores brasileiros. E os erros cometidos ao escrever uma tese ou artigo científico estão muito mais relacionados a problemas de metodologia de pesquisa do que à falta de habilidade com as palavras para apresentar os resultados de forma clara, concisa e interessante.
A análise de Gilson Volpato, professor do Departamento de Fisiologia do Instituto de Biociências da Universidade Estadual Paulista (Unesp), campus de Botucatu, está na sexta edição revisada e ampliada do livro Ciência: da filosofia à publicação.
Lançada no início de dezembro, a edição acrescenta quatro novos capítulos aos nove da primeira edição, publicada em 1998. Um deles apresenta um breve resumo da história da filosofia para explicar por que a ciência é feita tal como é hoje – aceitando conclusões apenas se forem baseadas em evidências empíricas (comprovadas experimentalmente).
A ideia desse capítulo, segundo Volpato, é demonstrar ao leitor o caráter indissociável entre a prática da ciência e questões teóricas e filosóficas, e que só é possível fazer boa ciência e escrever artigos para publicação em revistas de elevado fator de impacto quando se tem uma boa formação filosófica e um entendimento muito preciso dos conceitos científicos.
“É necessário ter uma compreensão muito clara sobre o que é fazer ciência para realizar boas pesquisas, que resultem em artigos sólidos para serem publicados em revistas de alto nível. Não dá só para corrigir a ponta desse processo – a redação científica – sem ter uma base bem fundamentada por trás disso”, disse Volpato à Agência FAPESP.
Especialista em redação e publicação científica, o autor – que dá cursos na área e já auxiliou pesquisadores brasileiros a reescreverem mais de 250 artigos científicos nas áreas de humanas, exatas e biológicas – avalia que alguns dos artigos publicados por cientistas do país apresentam muitos problemas estruturais.
Entre eles estão introduções que não cumprem essa função, tabelas, gráficos e figuras incompreensíveis, métodos duvidosos e dados que não corroboram as conclusões dos autores mas que, na maioria dos casos, segundo Volpato, apresentam erros inerentes à própria pesquisa.
“Se a pesquisa começou errada e é ruim não tem como fazer mágica no artigo. Se o pesquisador estudou uma questão irrelevante, por melhor que sejam os resultados, eles jamais resultarão em artigos científicos que extrapolarão as fronteiras sequer de seu laboratório e que dirá do Brasil”, disse.
Um dos principais erros conceituais nos trabalhos publicados por alguns cientistas brasileiros, de acordo com Volpato, é querer fazer ciência para solucionar problemas pontuais e localizados, sem tratar o fenômeno geral, que justamente tem a capacidade de resolver problemas pontuais.
Prova disso, de acordo com o especialista, é que no próprio título de alguns trabalhos publicados ainda aparecem o nome da instituição ou da cidade onde a pesquisa foi realizada e os dados foram coletados, reforçando a ideia de que o estudo está circunscrito àquele local.
“Para fazer ciência, realmente é preciso de dados que são coletados de algum lugar. Mas o problema é que alguns pesquisadores brasileiros coletam dados de um determinado lugar e só se preocupam com aquele lugar especificamente”, afirmou Volpato.
“É muito diferente de pegar os dados de um determinado lugar e construir uma ciência geral, que resolve questões particulares, como pode ser visto em artigos publicados por cientistas estrangeiros em grandes revistas científicas internacionais. Ainda falta esse aprendizado e ousadia científica ao pesquisador brasileiro”, compara.
Questões pontuais
Segundo Volpato, alguns dos fatores responsáveis pela ausência da ciência geral são a falta de formação filosófica sobre o que é necessário para construir conhecimento e o fato de que o Brasil ficou por muito tempo fechado para o mundo. Algumas áreas ficaram dissociadas da ciência produzida no exterior.
Por outro lado, de acordo com Volpato, outras áreas relacionadas à ciência básica, como imunologia, biologia celular e física, sempre tiveram uma inserção internacional natural que continuou e ganhou maior projeção na década de 1990 com os adventos da globalização e da internet.
De acordo com o pesquisador, é preciso rever esse conceito de se fazer ciência sob uma perspectiva estritamente local para que se possa melhorar a qualidade dos artigos científicos publicados por brasileiros e, consequentemente, aumentar a publicação em revistas de alto fator de impacto e citação internacional.
“A redação científica é um forte indicador sobre os conceitos científicos dos autores de forma que para melhorá-la é preciso, primeiramente, corrigir os conceitos dos pesquisadores sobre o que é fazer ciência”, disse.
Volpato também é autor dos livros Método lógico para a redação científica, Bases teóricas da redação científica, Publicação científica, Bases teóricas para redação científica, Administração da vida científica, Pérolas da redação científica, Dicas para redação científica, Lógica da redação científica e Estatística sem dor!.
O professor também divulga seu trabalho no site www.gilsonvolpato.com.br , que oferece artigos, dicas e reflexões sobre redação científica, educação e ética na ciência. 
 
O site dá acesso a aulas on-line do curso “Bases Teóricas para Redação Científica”, apresentado por Volpato na Unesp.
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sexta-feira, 31 de maio de 2013

Article alert


 Artigos para baixar!!!

The following new articles have just been published in BMC Biology

For articles which have only just been published, you will see a 'provisional PDF' corresponding to the accepted manuscript. A fully formatted PDF and full text (HTML) version will be made available soon.
Review    
Gene regulation by the act of long non-coding RNA transcription
Kornienko AE, Guenzl PM, Barlow DP, Pauler FM
BMC Biology 2013, 11:59 (30 May 2013)
[Abstract] [Full text] [PDF]
 
Research article    
Demecology in the Cambrian -- synchronized molting in arthropods from the Burgess Shale
Haug JT, Caron J, Haug C
BMC Biology 2013, 11:64 (30 May 2013)
[Abstract] [Provisional PDF]

A evolução primeva da fotossíntese

Early Evolution of Photosynthesis1

Robert E. Blankenship*

+ Author Affiliations

Departments of Biology and Chemistry, Washington University, St. Louis, Missouri 63130

*E-mail blankenship@wustl.edu.

doi: http:/​/​dx.​doi.​org/​10.​1104/​pp.​110.​161687

Plant Physiology October 2010 vol. 154 no. 2 434-438

Photosynthesis is the only significant solar energy storage process on Earth and is the source of all of our food and most of our energy resources. An understanding of the origin and evolution of photosynthesis is therefore of substantial interest, as it may help to explain inefficiencies in the process and point the way to attempts to improve various aspects for agricultural and energy applications.

A wealth of evidence indicates that photosynthesis is an ancient process that originated not long after the origin of life and has evolved via a complex path to produce the distribution of types of photosynthetic organisms and metabolisms that are found today (Blankenship, 2002; Björn and Govindjee, 2009). Figure 1 shows an evolutionary tree of life based on small-subunit rRNA analysis. Of the three domains of life, Bacteria, Archaea, and Eukarya, chlorophyll-based photosynthesis has only been found in the bacterial and eukaryotic domains. The ability to do photosynthesis is widely distributed throughout the bacterial domain in six different phyla, with no apparent pattern of evolution. Photosynthetic phyla include the cyanobacteria, proteobacteria (purple bacteria), green sulfur bacteria (GSB), firmicutes (heliobacteria), filamentous anoxygenic phototrophs (FAPs, also often called the green nonsulfur bacteria), and acidobacteria (Raymond, 2008). In some cases (cyanobacteria and GSB), essentially all members of the phylum are phototrop2hic, while in the others, in particular the proteobacteria, the vast majority of species are not phototrophic.

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