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quarta-feira, 5 de março de 2025

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Mapeando genomas humanos e neandertais

O projeto do genoma humano publicou o genoma humano moderno há 20 anos, e o genoma do neandertal foi sequenciado há pouco mais de uma década. O que esses mapas significam para a nossa compreensão da humanidade? 
 
Por: Marcus - 2025
 

Em 1990 , os pesquisadores embarcaram em um projeto épico para mapear todo o DNA humano: o projeto do genoma humano . Seu primeiro rascunho do genoma humano foi publicado há 20 anos hoje.

Encontro -me pensando: uau, já faz 20 anos inteiros - mas já faz apenas 20 anos !

A genética é um campo vertiginosamente complexo que ainda está em sua infância. Por causa disso, novos achados e avanços têm muito potencial de interpretação errônea e uso indevido. Mas o campo também serviu como um lembrete potente de quão semelhantes todos nós somos no centro - e quão misturada a humanidade tem sido durante todo o tempo.

Os seres humanos têm mais de 3 bilhões de pares de cartas de DNA em seu genoma: acontece que menos de 2 % disso explica cerca de 20.000 genes específicos ou conjuntos de instruções que codificam as proteínas que produzem nossos tecidos.  

Todos os seres humanos compartilham o mesmo conjunto básico de genes (todos temos um gene para a consistência da cera, por exemplo), mas existem variações sutis na ortografia do DNA desses genes de indivíduo para indivíduo que resultam em proteínas ligeiramente diferentes (pegajosa versus cera de ouvido seca). O projeto do genoma humano mapeou nossos genes e o DNA no meio e partiu para ver como essas minúsculas variações no DNA estão ligadas a variações em características físicas e doenças. No geral, qualquer ser humano é cerca de 99,9 % semelhante , geneticamente, a qualquer outro ser humano.

moderno Tudo o que é apenas para o Homo sapiens , é claro. Como pesquisador se concentrou na evolução humana e na vida de populações de hominina há muito extinta, o projeto do genoma humano foi apenas o começo das avenidas da pesquisa que acho incrivelmente emocionante.

O projeto Neanderthal Genome começou em julho de 2006 e, em maio de 2010 - pouco mais de uma década atrás - os pesquisadores publicaram o rascunho inicial do genoma de um de nossos parentes extintos mais próximos. Nosso genoma se sobrepõe a cerca de 97 a 98 % do dos neandertais , graças a nós compartilharmos um ancestral comum. (Muitos seres vivos são surpreendentemente semelhantes: humanos e chimpanzés, por exemplo, são apenas 1,2 a 6 % diferentes um do outro, dependendo de como você conta.)

Grupos humanos viviam, se moviam e se misturavam, e alguns vestígios desse mundo nos deixam para sair do nosso genoma.

Graças a este trabalho, agora sabemos detalhes sobre os neandertais que apenas o registro arqueológico nunca poderia ter fornecido. Por exemplo, fragmentos de DNA de espécimes encontrados na Espanha e na Itália mostraram que pelo menos alguns neandertais provavelmente tinham pele pálida e cabelos avermelhados - embora, curiosamente, as variações para essa coloração são diferentes das variantes encontradas em humanos modernos. Aparentemente, as ruivas entre o Homo sapiens evoluíram separadamente.

Estou particularmente interessado em como os neandertais e outras populações de hominina usavam os recursos vegetais e animais ao seu redor para alimentos, ferramentas e outras necessidades diárias. O DNA pode fornecer pistas nessas arenas. Por exemplo, os neandertais, como nós, possuíam um gene com o nome cativante TAS2R38 que controla a capacidade de provar substâncias amargas. As chances são de que essa adaptação evoluiu na linhagem humana para nos permitir evitar alimentos que contêm toxinas, que geralmente têm um gosto amargo.

Em 2016, os pesquisadores examinaram um gene em humanos e neandertais modernos que controlam a resposta do corpo aos hidrocarbonetos carcinogênicos. Eles descobriram que os neandertais eram até 1.000 % mais sensíveis a esses agentes cancerígenos do que os humanos, mas tinham mais variantes genéticas que melhor neutralizaram os efeitos nocivos. Talvez essa tenha sido uma adaptação que ocorreu como resultado do uso precoce de incêndio, pois nossos ancestrais de hominina começaram a inalar fumaça carcinogênica. Isso ainda não está claro.

Freqüentemente, os dados genéticos levantam mais questões do que respondem.

O resultado mais interessante dos projetos de genoma humano e neandertal pode ser a descoberta de que os neandertais fizeram algumas contribuições para o genoma humano existente - em outras palavras, neandertais e homo sapiens ocasionalmente intercam.

A imagem completa das interações entre o Homo sapiens e as populações neandertais durante o período em que esses grupos se sobrepunham na Europa e no leste da Ásia ainda é obscura. (Para tornar as coisas ainda mais complicadas, parece que os neandertais e o homo sapiens também se cruzaram com os Denisovanos, outro grupo humano distinto.) A maioria dos humanos hoje tem menos de 4 % de DNA neandertal.

Temos sido a única espécie humana que preenche o planeta há dezenas de milhares de anos, por isso pode ser difícil imaginar uma época em que vários tipos diferentes de seres humanos compartilhassem habitats. É fácil pensar no passado profundo como uma série de fotos: breves instantâneos de vidas muito tempo, como as cenas congeladas dos dioramas do museu. Mas o mundo antigo era um lugar dinâmico. Grupos humanos viviam, se moviam e se misturavam, e alguns vestígios desse mundo nos deixam para sair do nosso genoma.

Projeto de genoma humano neandertais - Os seres humanos têm mais de 3 bilhões de pares de cartas de DNA em seu genoma, e apenas cerca de 0,1 % disso diferem entre duas pessoas.

Os seres humanos têm mais de 3 bilhões de pares de cartas de DNA em seu genoma, e apenas cerca de 0,1 % disso difere entre duas pessoas.

Andrew Brookes/Getty Images

Várias empresas agora oferecem sequenciar bits do DNA de uma pessoa para ajudar a esclarecer seus ancestrais, traços físicos ou suscetibilidade à doença. Essas informações são interessantes, mas também pode ser interpretada mal a implicar que as categorias raciais estabelecidas nos primeiros dias de antropologia e taxonomia estão enraizadas em nossa biologia (elas não são), ou que características como força, velocidade ou inteligência são geneticamente predeterminadas (não são). Nós, seres humanos, parecem estar conectados a preferir categorizações simples para entender nossas próprias identidades, mas isso está em desacordo com a realidade da variação genética, efeitos ambientais e os efeitos da evolução - todos complexos e emaranhados.

Muitos testes de DNA doméstico começaram a incluir em seus relatórios de ascendência a porcentagem de DNA que uma pessoa provavelmente herdou dos homininos antigos. Essa informação pode ser interessante, mas realmente não tem influência na saúde de um indivíduo e certamente não indica o quão "avançado" é uma pessoa.

À medida que aprendemos mais sobre o nosso passado humano complicado, é incrivelmente importante estar ciente das limitações, bem como do potencial, das informações contidas em nossos genes.

 

terça-feira, 17 de dezembro de 2024

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Genoma antigo revela como as pessoas imigraram para o Japão

O genoma extraído de um esqueleto de 2.300 anos ajudou a mapear a imigração antiga para o arquipélago japonês.

greyscale photos of ancient skeleton and skull
Restos humanos do período Yayoi. Crédito: Kim et al 2024.

O Japão é habitado por pessoas desde cerca de 35.000 anos atrás. Há cerca de 16.500 anos, um grupo de caçadores-coletores neolíticos, conhecido como cultura “Jomon”, desenvolveu uma sociedade complexa que incluía a produção de cerâmica e joias.

Cerca de 3.000 anos atrás, o cultivo de arroz em arrozais foi introduzido no Japão. Isto marcou o início do período Yayoi, que terminou por volta do ano 300 dC. Depois do Yayoi veio o período Kofun (300–538 dC).

A nova pesquisa, publicada no Journal of Human Genetics , procurou compreender a dinâmica populacional por trás desta mudança.

“Havia várias hipóteses para explicar a história dos japoneses ”, escrevem os autores.

“Por exemplo, o 'modelo de transformação' postula que apenas a cultura, e não as pessoas, veio do continente. O ‘modelo de substituição’ sugere uma substituição completa do povo indígena Jomon pelo povo Yayoi, enquanto o ‘modelo de hibridização’ propõe a mistura entre o povo indígena Jomon e os imigrantes continentais.”

Os autores observam que o consenso atual baseado em evidências de DNA do povo japonês moderno é que houve uma mistura de duas ou três vias entre o povo indígena Jomon e uma ou duas outras fontes de imigração para o arquipélago durante os períodos Yayoi e Kofun.

“Os ancestrais relacionados ao Leste Asiático e ao Nordeste Asiático representam mais de 80% dos genomas nucleares da população japonesa moderna”, explica o investigador principal do novo estudo, Jun Ohashi, da Universidade de Tóquio. “No entanto, como a população japonesa adquiriu estes ancestrais genéticos – isto é, as origens da imigração – não é totalmente compreendida.”

A equipe de Ohashi analisou o genoma nuclear completo de um indivíduo desenterrado em um cemitério do período Yayoi, no sítio arqueológico de Doigahama. O local fica no extremo sudoeste da ilha principal do Japão, Honshu, a cerca de 800 km de Tóquio.

O genoma foi comparado com o de populações modernas e antigas em outras partes do Leste e Nordeste da Ásia.

Os pesquisadores encontraram grande semelhança entre o indivíduo Yayoi e os indivíduos Kofun que têm ancestrais distintos de Jomon, do Leste Asiático e do Nordeste Asiático.

Entre as populações modernas, o genoma Yayoi mais se assemelhava – com exceção do povo japonês moderno – às populações coreanas.

“Os nossos resultados sugerem que entre os períodos Yayoi e Kofun, a maioria dos imigrantes no arquipélago japonês originou-se principalmente da Península Coreana”, diz Ohashi.

map of japan with populations and dna
As raízes da imigração para o arquipélago japonês. Crédito: Kim et al 2024.

“Os resultados também significam que o modelo de mistura de três vias, que postula que um grupo do Nordeste Asiático migrou para o arquipélago japonês durante o período Yayoi e um grupo do Leste Asiático durante o período Kofun, está incorreto.

“Uma vez que o nosso estudo identificou as origens primárias dos imigrantes, o nosso próximo objectivo é examinar os genomas de mais indivíduos Yayoi para esclarecer por que mais de 80% dos componentes genómicos da população japonesa moderna são derivados da imigração e como a mistura entre O povo asiático continental e o povo indígena Jomon progrediram dentro do arquipélago japonês.

quinta-feira, 11 de julho de 2024

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Tumba de 4.500 anos na França revela segredos de como o ‘genoma europeu’ surgiu

A análise de alta resolução dos genomas de indivíduos enterrados num túmulo coletivo com 4.500 anos em Bréviandes-les-Pointes, perto da cidade francesa de Troyes, revelou uma história surpreendente com implicações de longo alcance. Tal como detalhado num artigo na revista Science Advances , a fase final da formação do genoma europeu ainda está presente em muitos europeus actuais.

O genoma humano é a totalidade da informação genética transportada pelo nosso DNA e reflete parcialmente a história dos nossos antepassados. O genoma dos actuais europeus foi formado ao longo de um período de mais de 40.000 anos, como resultado de várias migrações e da resultante mistura de populações. É, portanto, constituída pela complexa hereditariedade das pequenas populações de caçadores-coletores que ocuparam a Europa até à chegada, há cerca de 8.000 anos, de populações da Anatólia e da região do Egeu, descendentes daqueles que inventaram a agricultura e a domesticação animal no Crescente Fértil. Estes agricultores neolíticos cruzaram com os caçadores-coletores locais e contribuíram com uma parte muito importante do genoma de muitos dos europeus de hoje.

Finalmente, no final do Neolítico, há 5.000 a 4.000 anos, populações nómadas das estepes Pônticas (a norte do Mar Negro, que se estende do Danúbio aos Urais) migraram para a Europa e contribuíram com o terceiro dos principais componentes genómicos que perduraram na Europeus ao longo dos milénios seguintes até aos dias de hoje.

Embora hoje a decifração – também conhecida como sequenciação – desta informação genética seja um processo de rotina, esta abordagem continua complicada para os genomas de indivíduos que viveram no passado. Tudo o que nos resta são alguns esqueletos mais ou menos fragmentados. Algumas partes desses esqueletos ainda podem conter vestígios de DNA preservado, mas ele é fragmentado e esparso, o que torna a análise um desafio metodológico.

A nossa equipa do Institut Jacques Monod aceitou este desafio e otimizou os métodos para que pudéssemos obter resultados fiáveis. Isso nos permitiu analisar genomas antigos usando os mais avançados métodos bioinformáticos e estatísticos.

Uma testemunha do cruzamento entre populações

Nossas análises dos genomas de sete indivíduos da tumba de Bréviandes, combinadas com análises da morfologia dos ossos realizadas por antropólogos do Inrap, mostraram que a tumba continha:

  • Uma mulher que tinha mais de 60 anos quando morreu.
  • seu filho, um homem adulto com idade entre 20 e 39 anos
  • seu neto, com idade entre 4 e 8 anos
  • a mãe do neto, de 20 a 39 anos
  • uma jovem de 20 a 39 anos
  • o recém-nascido da jovem
  • uma criança entre 6 e 10 anos

Os últimos três indivíduos não tinham parentesco com os demais que estavam na sepultura, e o último filho não tinha parentesco com nenhum dos demais. Os pais do homem adulto, do bebê recém-nascido e do filho solitário não estavam presentes. Pode-se, portanto, supor que este não é o túmulo de uma única família biológica. Por outro lado, todos os indivíduos do sexo feminino apresentavam uma componente hereditária característica das populações do sul de França e do sudoeste da Europa, e esta origem comum fora da área do túmulo poderá explicar porque foram enterrados juntamente com os seus descendentes.

Além disso, o genoma do homem adulto foi dividido entre as origens neolíticas francesas de sua mãe e de seu pai, o genoma dos povos nômades das estepes ao norte do Mar Negro. Estes nómadas migraram para a Europa Central há cerca de 5.000 anos e cruzaram com as populações neolíticas locais antes de continuarem a sua migração em direção ao leste, norte e noroeste da Europa. Entre os sete indivíduos enterrados na tumba, observamos quase em “tempo real” a introdução do genoma dos nômades das estepes na população neolítica da região.

RELACIONADO: O passado evolutivo da Índia está ligado à enorme migração há 50.000 anos e a parentes humanos agora extintos

Esta situação excepcional, não descrita anteriormente, permitiu-nos reconstruir a parte do genoma do homem adulto que herdou do pai, que estava ausente da sepultura e, portanto, não pôde ser analisado directamente. A assinatura genómica deste pai ausente coloca a sua origem no noroeste da Europa. Obtivemos anteriormente um resultado semelhante para outro homem com ascendência estepe, que foi enterrado no vale de Aisne na mesma época. Estes dois homens poderiam, portanto, pertencer à mesma população.

Dado que a assinatura genómica da mãe do homem adulto está relacionada com as populações neolíticas do sul de França, o túmulo de Bréviandes testemunha assim o encontro na zona do que seria a cidade de Paris, durante o Neolítico Final, entre indivíduos que migraram do norte para o sul e vice-versa.

Duas grandes ondas de cruzamento

Estender a análise a genomas antigos já publicados de outras regiões europeias permitiu-nos modelar estas migrações de povos das estepes. Os resultados sugerem que houve duas grandes ondas de cruzamentos durante o terceiro milénio a.C. (que começa no ano 1 do nosso calendário). A primeira onda de cruzamentos ocorreu entre nômades das estepes e agricultores neolíticos que criaram cerâmicas características de formato globular com dois a quatro cabos. Acredita-se que tenha ocorrido na Europa Central e Oriental há aproximadamente 4.900 anos.

Seus descendentes mestiços desenvolveram uma nova cultura arqueológica, conhecida como “louça com fio”, que leva o nome de vasos de barro que são impressos com cordas antes de serem cozidos. Esta cultura combinou elementos da cultura da ânfora globular e das culturas das estepes, incluindo o sepultamento dos mortos em tumbas individuais. Esta prática de criar cerâmica com cordão espalhou-se então para o leste e para o norte da Europa com indivíduos da população mista do Neolítico-Estepe. Durante as suas migrações de leste para oeste em toda a Europa, estes reproduziram-se principalmente entre si e não com populações agrícolas nativas.

Ilustração das duas ondas de cruzamento entre grupos de ascendência estepe e neolítica e suas respectivas culturas. À esquerda, a sepultura colectiva neolítica de Bréviandes-les-Pointes associada ao Neolítico Final representada por um jarro de terracota. À direita, o cemitério de Saint-Martin-la-Garenne-les-Bretelles, com uma pulseira de xisto associada à cultura Bell-Beaker. (Crédito da imagem: Cemitério, Inrap; cerâmica do Neolítico tardio, C. Gaumat/Musée Bargoin; copo com fio completo, S. Oboukhoff/CNRS; punhal do Neolítico tardio, Hervé Paitier/Inrap; cemitério Bell-Beaker, Nicolas Girault; Bell-Beaker, Luis García Montagem de Eva-Maria Geigl.)

Acredita-se que uma segunda onda de cruzamentos com populações nativas tenha ocorrido 300 a 400 anos depois na Europa Ocidental, há cerca de 4.550 anos. Em ambos os casos, os cruzamentos mais frequentes envolveram homens migrantes com mulheres nativas. Foi o início desta segunda vaga que conseguimos identificar no túmulo de Bréviandes-les-Pointes.

Graças à análise do mesmo estudo do enterro de um homem adulto em Saint-Martin-la-Garenne (leste de Paris), também pudemos mostrar que o cruzamento que ocorreu desempenhou um papel importante na transformação da Europa genoma.

O homem foi sepultado de acordo com os ritos funerários típicos da cultura Bell-Beaker (BBC), com seus característicos vasos em forma de sino encontrados em numerosos túmulos. Esta cultura desenvolveu-se na Europa Ocidental (entre o sudoeste e o noroeste) antes de se espalhar pela Europa e Norte de África. Foi enterrado com uma pulseira de xisto tipo BBC, acessório de arqueiro, que o identifica como tendo um status social elevado. Ele era de ascendência estepe, e pudemos inferir de seu genoma que sua mãe tinha ainda mais ascendência estepe do que ele. Isto indica que estas populações organizaram redes matrimoniais com grupos de outras regiões cujos membros tinham mais ascendência estepe. No final do período Bell-Beaker, por volta de 2.000 a.C., a maioria dos homens analisados ​​carregava o cromossomo Y dos povos das estepes, que ainda hoje é a maioria entre os homens franceses.

O genoma de todos os actuais europeus que viveram na Europa durante muitas gerações contém, além da parte neolítica, parte desta ancestralidade estepe. Esta presença é mais pronunciada no Norte da Europa do que no Sul da Europa.

Concluindo, as duas fases mais intensas de mistura genética entre as populações migrantes das estepes e as populações indígenas estão associadas, cada uma, ao surgimento de uma nova cultura, a da mercadoria com fio e a das culturas Bell-Beaker. Esta última foi a primeira cultura verdadeiramente pan-europeia. Estes encontros e cruzamentos teriam levado à formação do genoma que é característico de muitos dos europeus de hoje.

Este artigo editado foi republicado de The Conversation sob uma licença Creative Commons. Leia o artigo original .