quarta-feira, 7 de dezembro de 2022

 7 DE DEZEMBRO DE 2022

Uma equipe de marido e mulher resolve o mistério de como os vermes desenvolvem seu intestino

Como os vermes desenvolvem suas entranhas?
Morris Maduro (à esquerda) e Gina Broitman-Maduro. Crédito: Laboratório Maduro/UCR

Se não fosse pela pandemia de COVID-19, uma descoberta importante sobre o desenvolvimento de nematoides – vermes cilíndricos alongados – poderia não ter sido feita.

Com a maioria das aulas e reuniões em universidades e escolas transferidas para a Internet em 2020-2021, uma equipe de pesquisa de marido e mulher da Universidade da Califórnia, Riverside, finalmente encontrou algum tempo para explorar uma questão sobre a qual vinham refletindo há muito tempo. : Como os nematoides distantemente relacionados ao mais estudado, Caenorhabditis elegans, fazem seu intestino, já que os genes responsáveis ​​pela especificação do intestino em C. elegans estão ausentes em outros nematoides?

"A pandemia liberou algum tempo para pensarmos em quais pesquisas gostaríamos de avançar quando a pandemia diminuísse", disse Morris Maduro, professor de biologia molecular, celular e de  e autor correspondente do estudo publicado na Development .

"Felizmente, um experimento que conduzimos gerou um resultado surpreendente. Acontece que uma rede de genes mais simples parece estar envolvida na especificação do intestino em nematoides relacionados a C. elegans. Uma espécie ancestral de C. elegans parece ter duplicado e expandido essa rede mais simples rede genética para fazer uma que seja mais complicada, e essa rede complicada é a que temos estudado todo esse tempo em C. elegans."

Devido, em parte, à rapidez com que se desenvolve, C. elegans é um dos organismos modelo mais amplamente utilizados nas disciplinas biológicas, especialmente no estudo de como os genes orquestram o desenvolvimento. Com cerca de um milímetro de comprimento, o C. elegans vive como um necrófago no solo, onde se alimenta de micróbios, como bactérias, encontrados em alimentos estragados.  é macho ou hermafrodita (com órgãos reprodutores masculinos e femininos) e tem vida livre. Não é um parasita humano nem de plantas e não infecta ou prejudica nenhum organismo conhecido pelos cientistas.

Maduro, atualmente chefe do Departamento de Biologia Molecular, Celular e de Sistemas, estuda o C. elegans e outros nematoides há mais de duas décadas. Ele explicou que os nematoides têm uma anatomia simples. O sistema digestivo é um único órgão, o intestino, e em C. elegans é feito dos descendentes de uma única célula no embrião inicial, chamada E.

“Nós e outros descobrimos há cerca de 20 anos que a rede de genes que faz com que a célula E se torne o progenitor do intestino envolve vários genes que estão todos relacionados a uma família de fatores de transcrição chamados fatores GATA”, disse Maduro.

Usando C. elegans, o laboratório de Maduro há muito tempo estuda como os fatores de transcrição, que são proteínas que ativam a expressão de genes, funcionam em embriões animais primitivos.

“Os fatores de transcrição funcionam no que chamamos de redes gênicas, que são importantes em biologia não apenas para o desenvolvimento de plantas e animais, mas também para como os organismos respondem a mudanças em seu ambiente e até como as células cancerígenas mudam suas propriedades dentro dos tumores”, disse Maduro. disse.

Ele explicou que as proteínas nos organismos vivos podem ser consideradas parte de um conjunto de ferramentas genéticas.

"Imagine uma caixa de ferramentas com ferramentas como martelos, chaves de fenda e furadeiras", disse ele.

"Você pode usar as mesmas ferramentas para fazer uma estante ou construir uma casa. Embora uma estante pareça diferente de uma casa, elas podem ser construídas com o mesmo kit de ferramentas. Da mesma forma,  encontram várias maneiras de usar proteínas, as ferramentas genéticas que são os produtos dos genes. Com o tempo, no entanto, diferentes genes são ativados para fazer com que as células desempenhem certas funções em um animal ou planta. As redes de genes resultantes envolvem diferentes maneiras de usar os mesmos tipos de  ."

Como os vermes desenvolvem seu intestino?
O blastômero E, a rede de genes da endoderme central e a conservação do fator GATA em Caenorhabditis. (A) A célula E, mostrada no estágio de oito células, dá origem a 20 descendentes que formam o intestino juvenil, mostrado em uma larva. Os núcleos de E e seus descendentes estão sombreados em verde. O restante do trato digestivo também é mostrado. ant., anterior; pós., posterior. (B) Diagrama da rede de especificação do endoderma de C. elegans (Maduro, 2017). Os fatores ausentes em parentes mais distantes de C. elegans estão sombreados em azul. As linhas pretas indicam fortes interações regulatórias e as linhas cinzas indicam interações mais fracas. (C) Alinhamento dos DBDs (C4 dedo de zinco e domínio básico) dos fatores GATA canônicos em C. elegans e C. angaria. Os blocos coloridos foram gerados pelo MView Multiple Sequence Alignment (https://www.ebi. ac.uk/Tools/msa/mview/). (D) Árvore RAxML-NG dos DBDs mostrados em C gerados usando CIPRES Gateway (https://www.phylo.org/), semelhante a árvores feitas em um trabalho anterior (Eurmsirilerd e Maduro, 2020). O genoma de C. elegans contém dois fatores GATA embrionários adicionais, elt-4, que é uma duplicação parcial de elt-2 que não tem função, e elt-6, um parálogo de elt-5 (Koh e Rothman, 2001; Fukushige et al ., 2003). (E) Filogenia de C. elegans com duas espécies de grupo externo, Diploscapter coronatus e Heterorhabditis bacteriophora, com base em trabalhos publicados anteriormente e na filogenia mais recente disponível no The Caenorhabditis Genomes Project (Félix et al., 2014; Slos et al., 2017; Stevens et al., 2019; Stevens et al., 2020). Para C. uteleia, o ortólogo elt-2 é CUTEL.g25177 e os ortólogos elt-3 são CUTEL.g19098, CUTEL.g19099, CUTEL.g14171 e CUTEL. g17053 (montagem JU2585_v1 do The Caenorhabditis Genomes Project). Para C. portoensis, o ortólogo elt-2 é CPORT.g4338 e o ortólogo elt-3 é CPORT.g6550 (montagem EG5626_v1 do The Caenorhabditis Genomes Project). Todos os ortólogos restantes foram identificados previamente (Eurmsirilerd e Maduro, 2020; Maduro, 2020). As espécies estudadas neste trabalho estão em negrito. Crédito:Desenvolvimento (2022). DOI: 10.1242/dev.200984

Maduro e sua esposa, Gina Broitman-Maduro, descobriram que os genes que estudaram por muitos anos em C. elegans que especificavam o intestino estavam ausentes na maioria dos outros nematoides, deixando-os se perguntando como o intestino é feito nesses nematoides.

“No final de 2021, quando a pandemia estava diminuindo, decidimos examinar um parente distante de C. elegans, chamado C. angaria, para ver se conseguíamos descobrir como ele faz seu intestino”, disse Maduro. "Foi um experimento de longo alcance, pois não esperávamos descobrir. No entanto, em questão de poucos meses, descobrimos que os muitos fatores GATA em C. elegans eram apenas um único fator em C. angaria. Este único fator, ELT-3, realmente existe em C. elegans, mas não tem a mesma função."

Em C. elegans, sabe-se que o fator ELT-3 está envolvido nas respostas ao estresse e sua função é substituída pela função de dois outros genes, END-1 e END-3. Assim como em C. angaria quando o ELT-3 é deletado, o intestino em C. elegans não pode se formar quando ambos END-1 e END-3 estão ausentes.

“Essencialmente, estamos olhando para um sistema biológico que retém uma rede mais simples de um período anterior da evolução – provavelmente de 20 a 50 milhões de anos atrás – e podemos compará-lo a uma versão mais complexa que evoluiu a partir dele”, disse Maduro.

"Observando o interior das células, podemos entender como a maquinaria do desenvolvimento mudou ao longo do tempo. É como se tivéssemos uma máquina do tempo para olhar para os ancestrais do C. elegans e entender como a evolução resultou em uma versão de uma rede genética para mudar para outro sem alterar significativamente a aparência do verme. As mudanças são internas e acontecem 'sob o capô' e oferecem uma oportunidade extraordinária para entender como a natureza encontra diferentes maneiras de chegar ao mesmo ponto final."

Para garantir que estavam no caminho certo, Maduro e Broitman-Maduro conseguiram forçar a proteína C. angaria ELT-3 a ser expressa na hora e no local certos em C. elegans. Eles mostraram que poderia especificar o intestino.

"Quando as pessoas pensam em genes que sofrem mudanças ao longo do tempo evolutivo, elas pensam em uma planta ou animal fazendo algo diferente - ou seja, os  mudam para que o animal seja maior, ou mais rápido, ou possa fazer algo que outra espécie não pode, como resistir algum patógeno, ou crescem sob condições ambientais mais severas", disse Broitman-Maduro, primeiro autor do trabalho de pesquisa e especialista associado no laboratório Maduro.

"Aqui, a mudança na rede genética não parece fazer nada fundamentalmente diferente: a anatomia e o desenvolvimento de espécies distantemente relacionadas, C. angaria, são quase indistinguíveis de C. elegans."

Uma questão que Maduro e Broitman-Maduro estão investigando agora é por que, em comparação com outros nematóides, C. elegans precisaria de uma rede genética mais complicada para especificar o intestino.

"Uma de nossas ideias é que a nova rede permite que C. elegans se desenvolva mais rapidamente, e estamos tentando examinar essa ideia com mais detalhes", disse Maduro.

“Agora que sabemos o que especifica o intestino nesses nematóides distantemente relacionados, planejamos investigar se esse mecanismo é ainda mais amplamente conservado ao observar uma espécie mais distante, Pristionchus pacificus”.

Mais informações: Gina Broitman-Maduro et al, O fator GATA ELT-3 especifica o endoderma em Caenorhabditis angaria em uma rede genética ancestral, Desenvolvimento (2022). DOI: 10.1242/dev.200984

Informações do jornal: Desenvolvimento 


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